Ero sivun ”Poimintaongelma (biokemia)” versioiden välillä
p (navigaatiomalline) |
(artikkelinalun määrittelytarkennusyrittelyä) |
||
| Rivi 1: | Rivi 1: | ||
Poimintaongelma (engl. ''sampling problem'') | '''Poimintaongelma''' (engl. ''sampling problem'') liittyy kysymykseen, miten yleistä peptidisekvenssien biologinen aktiivisuus on. Kysymyksen voi muotoilla täsmällisemmin mutta jonkin verran vaikeatajuisemmin: mikä on tietynpituisten biologisesti aktiivisten peptidisekvenssien lukumäärän (eli niiden muodostaman sekvenssialiavaruuden koon) suhde kaikkien mahdollisten samanpituisten peptidisekvenssien lukumäärään (eli niiden muodostaman sekvenssiavaruuden kokoon)? | ||
Tämä kysymyksenasettelu on tärkeä pyrittäessä arvioimaan [[evoluutioteoria|evoluutioteoreettisten]] mekanismien selitysuskottavuutta<ref>Jollekin havainnolle ehdotetun tietyn syntytavan selitysuskottavuus (engl. ''explanatory likelihood'') liittyy kysymykseen siitä, miten todennäköisesti tämä selitystarjokas riittäisi (olemassaollessaan, esiintyessään, voimassaollessaan tai toteutuessaan) saamaan aikaan havaitun selitettävän ilmiön: mitä todennäköisemmin näin tapahtuu, sitä uskottavampi kyseinen syntyselitys on.</ref> ja selitysvoimaa<ref>Ehdotetun selityksen selitysvoima (engl. ''explanatory plausibility'') riippuu suoraan sekä sen selitysuskottavuudesta (engl. ''explanatory likelihood'') että sen (olemassaolon, esiintymisen, voimassaolon tai toteutumisen) omasta (selitettävän ilmiön esiintymisestä riippumattomasta) alkuperäistodennäköisyydestä (engl. ''prior probability'').<br />Eri selitystapojen keskinäistä paremmuutta voi arvioida niiden selitysvoimaa vertaamalla: paremmalla selityksellä pitäisi ilmeisestikin olla suurempi selitysvoima, joten selitysvoimaisempaa selitystä voi perustellusti pitää parempana. Toisaalta selityksiltä voi ylipäänsäkin vaatia jonkinlaista vähimmäisselitysvoimaa: jos selitys on liian voimaton, siihen ei ole mielekästä pitäytyä edes parempien selitysten puutteessakaan, vaan on järkevämpää myöntää, ettei kyseiselle havaintoilmiölle toistaiseksi tunneta mitään nykytiedon valossa mahdollista selitystä.</ref> eri proteiinien väitettyinä aikaansaajina. | |||
==Esimerkkejä== | ==Esimerkkejä== | ||
Versio 13. lokakuuta 2013 kello 13.17
Poimintaongelma (engl. sampling problem) liittyy kysymykseen, miten yleistä peptidisekvenssien biologinen aktiivisuus on. Kysymyksen voi muotoilla täsmällisemmin mutta jonkin verran vaikeatajuisemmin: mikä on tietynpituisten biologisesti aktiivisten peptidisekvenssien lukumäärän (eli niiden muodostaman sekvenssialiavaruuden koon) suhde kaikkien mahdollisten samanpituisten peptidisekvenssien lukumäärään (eli niiden muodostaman sekvenssiavaruuden kokoon)?
Tämä kysymyksenasettelu on tärkeä pyrittäessä arvioimaan evoluutioteoreettisten mekanismien selitysuskottavuutta1 ja selitysvoimaa2 eri proteiinien väitettyinä aikaansaajina.
Esimerkkejä
β-laktamaasi
Penisiliiniä hajoittavan β-laktamaasi entsyymin pituus on 153 aminohappoa. Kaikki mahdollisia 153 aminohapon mittaisia sekvenssejä, joilla on sama entsymaattinen funktio, ei pystytä tarkasti laskemaan, mutta niiden määrä voidaan estimoida koodisekvenssien analysillä, joilloin on ko. määrälle on saatu arvioksi 10122. Yhteensä eri 153 aminohapon mittaisia sekvenssejä on (kun käytettävissä on 20 proteogeenistä aminohappoa) 20153 ≈ 10199. Toisin sanoen ko. entsymaattisen funktion (E) löytäminen sattumanvaraisen sekvenssin S kautta on p(E|S) = 10122/10199 = 10-77. 3, 4
Viitteet
- ^ Jollekin havainnolle ehdotetun tietyn syntytavan selitysuskottavuus (engl. explanatory likelihood) liittyy kysymykseen siitä, miten todennäköisesti tämä selitystarjokas riittäisi (olemassaollessaan, esiintyessään, voimassaollessaan tai toteutuessaan) saamaan aikaan havaitun selitettävän ilmiön: mitä todennäköisemmin näin tapahtuu, sitä uskottavampi kyseinen syntyselitys on.
- ^ Ehdotetun selityksen selitysvoima (engl. explanatory plausibility) riippuu suoraan sekä sen selitysuskottavuudesta (engl. explanatory likelihood) että sen (olemassaolon, esiintymisen, voimassaolon tai toteutumisen) omasta (selitettävän ilmiön esiintymisestä riippumattomasta) alkuperäistodennäköisyydestä (engl. prior probability).
Eri selitystapojen keskinäistä paremmuutta voi arvioida niiden selitysvoimaa vertaamalla: paremmalla selityksellä pitäisi ilmeisestikin olla suurempi selitysvoima, joten selitysvoimaisempaa selitystä voi perustellusti pitää parempana. Toisaalta selityksiltä voi ylipäänsäkin vaatia jonkinlaista vähimmäisselitysvoimaa: jos selitys on liian voimaton, siihen ei ole mielekästä pitäytyä edes parempien selitysten puutteessakaan, vaan on järkevämpää myöntää, ettei kyseiselle havaintoilmiölle toistaiseksi tunneta mitään nykytiedon valossa mahdollista selitystä. - ^ Siegfried Scherer, Reinhard Junker: Evoluutio – kriittinen analyysi (2. suomalainen painos), s. 329. Datakirjat, 2007. 978-951-98558-4-4.
- ^ "Estimating the Prevalence of Protein Sequences Adopting Functional Enzyme Folds" (2004). Journal of Molecular Biology 341 (5): 1295–1315. doi:. ISSN 00222836.
