ApoWiki:Kahvihuone/Tuki

Tervetuloa ApologetiikkaWikin kahvihuoneeseen!

• Tuki: Täällä saat apua ja vastauksia ApologetiikkaWikin liittyviin kysymyksiin
• Kehitys: ApoWikin kehitykseen liittyvää keskustelua
• Käytännöt: Keskustelua ApologetiikkaWikin käytännöistä
• Tekniikka: Teknisiin yksityiskohtiin liittyvää keskustelua
• Sekalaista: Tänne kaikki, mikä ei sovi yläpuolella oleviin kategorioihin
• Medianäkyvyys: Uutisia ApologetiikkaWikin näkymisestä mediassa
• Käyttöongelmat: ApologetiikkaWikin bugzilla

Elämänsyntyartikkelista

Hei, keskustelin elämänsyntyteorioista Skepsiksen facebook-saitilla ja siellä annettiin ymmärtää että teillä olisi jonkinlainen vakava virhe todennäköisyyslaskelmissa koskien RNA-molekyylin pinoutumista pienemmistä osistaan, ja joka johtaa maailmankakkeudenkin aikaskaalassa käsittämättömän pieniin syntytodennäköisyyksiin jo muutamalla kymmenellä nukleotidillä. Tarkoitetaan siis laskelmaanne linkissä https://apowiki.fi/wiki/RNA-maailma?fbclid=IwAR3_1OHoxczR52rIJGjLZ3qJ-Ch9eZhfp57flE7qPPYMnVjAOrnaJehiCgk#Sattumanvaraisen_muodostumisen_todenn.C3.A4k.C3.B6isyys

Sitaatti kritiikistä:

"Lisäksi kyllähän siinä puhutaan "yksittäisestä lottoajasta" jatkuvalla syötöllä. Esimerkiksi:

'Tehdään myös täysin epärealistinen oletus, jonka mukaan liemien olosuhteetkin ovat yhtä edulliset kuin optimaalisissa laboratorio-oloissa. Sopiva riboosimolekyyli syntyy siis todennäköisyydellä p(R) = 0,07. Sopiva adeniinimolekyyli syntyy todennäköisyydellä p(A) = 0,01.'

Paitsi että ei. Sopivia riboosimolekyylejä ja adeniinimolekyylejä syntyy tutkimusten perusteella luonnossa niin helposti että niitä on monissa erilaisissa ympäristöissä saatavilla valmiiksi. Eli edelleen tehdään oletus että koko molekyyli pitää muodostua kerralla, ja ylikorostetaan sitä sattumaa, eikä huomioida että myös kemiassa, ja varsinkin orgaanisessa kemiassa, tapahtuu valintaa. Ja se on juurikin sen UV-valon pointti. Todennäköisyydet muuttuvat heti, kun endotermisessä ympäristössä olevat molekyylit a) muodostuvat helpommin, ja b)pysyvät kasassa ja jatkoreagoivat helpommin."(End of the quote)

Jatkokysyin asiasta, ovatko todennäköisyydet 0,01 tai 0,07 ristiriidassa liuosten yleiseen esiintymiseen sinänsä luonnossa. Viittasin itse siihen, että eihän jonkin liuoksen esiintyminen 0,01 pitoisuudella ole ristiriidassa sen esiintymisen kanssa vaikka kaikkialla tai eri ympäristöissä luonnossa. Siihen en toistaiseksi saanut vastausta.

Kysyisin nyt, ymmärtääkseni asian selvästi, Apowikin po. artikkelin tekijöiltä:

Miten saadaan itse noiden pinoutuvien nukleotidien (joita vertaisin pelikortteihin)alemman tason molekyyleistä rakentumisen oma todennäköisyys? Koetan karkeasti kuvata alla miten asian itse ymmärrän.

1) Ilmeisesti yksittäisen molekyylin johonkin toiseen molekyyliin törmäämisen todennäköisyys "seuraavaksi" on ensiksikin sama kuin po. toisen molekyylin esiintymistiheys eli pitoisuus jossain koealtaassa?

2) Silloin tämä liittyisi liuosaltaan sisäiseen partikkeleiden keskinäiseen satunnaiseen kohtaamistodennäköisyyteen oletetun _toisen_ molekyylin kanssa niin että jos ja kun liuoksessa olisi molekyylejä A pitoisuudella 0,01, ja toista yhdistettä B pitoisuudella 0,07, siihen po. molekyyli A törmää _seuraavaksi_ sen omalla todennäköisyydellä 0,07 (=7/100). (Molekyyli B:stä lähtien taas se törmääkin molekyyliin A todennäköisyydellä 0,01)

3) Mitä tarkoittaa että esim. riboosimolekyylejä siis melko varmastikin syntyy po altaaseen, sillä jos sellainen syntyisi sitä alemmista partikkeleista sopivassa liuoksessa esim todennäköisyydellä 1/100, niin tämä tarkoittaisi sitä että huolimatta suuresta epätodennäköisyydestään osapartikkeleista koostumiselleen (1/100 = 1%), niin kuitenkin, koska po. partikkeleita on missä hyvänsä makrokokoisessa altaassa (sanokaamme 1x1x1 m3) on miljardeja, po molekyylejä syntyisi varmasti siellä täällä, mutta sellaisia olisi kokonaisuudessaan liuoksen kaikista partikkeleista lukumääräisesti vain 1%.

4) Edellisestä seuraisi että nukleotidin osayhdisteitä voidaan olettaa varmasti syntyneeksi liuokseen pitoisuudella 1% (mlekyyli A), 7% (molekyyli B)jne., joka tarkoittaisi helposti miljardeja yksilöitä kumpiakin. Sen todennäköisyys, että A ja B kytkeytyvät toisiinsa oikeassa järjestyksessä, on todennäköisyydeltään korkeintaan noiden partikkeleiden oman synnyn tulo. Lähtökohdaksi otetulle partikkelille ei tällöin tule laskea pinetä todennäköisyyttä, koska sehän on oletettava varmaksi, vaan aloittaa kertominen vasta toisesta partikkelista (tällä ei minusta ole vielä suurta vaikutusta laskelman kokonaistodennäköisyyteen).

5) Kun noita yksittäisiä alkupartikkeleita on liuoksessa hyvin paljon, todennäköisesti po altaassa syntyisi myös tällaisia kahden oikean partikkelin koosteita vielä varsin paljon, mutta kuitekin vain esim sadasosa noihin aiempiin pitoisuuksiin verraten.

6) laskelmia vaikeuttaa se että esim nukleotidi voi lähteä kertymään mistä hyvänsä kokonaisuutensa osan kohdasta, ei juuri tietystä sen osasta, mutta jätän tämän nyt pois

7) Kun sitten mietitään kolmannen kappaleen oikein liittymistä, näitä on jälleen murto-osa edeltävistä, jne. jolloin kokonaisen nukleotidin pitoisuus edelläkuvaamassani liuosaltaassa jää hyvin pieneksi prosenttuaalisesti, mutta ilmeisesti niitäkin voisi olla vielä esim. miljoonia?

8) Sitten todennäköisyydet ja pitoisuudet liuoksessa lähtevät todella nopeasti pienenemään, kun pitää pinota jo valmiista nukleotideista RNA-ketjua. Sehän on tietystikin kunkin nukleotidin - tai siis samanlaisena toistuvan RNA-ketjun osan oman satunnaissynnyn niin mones potenssi kuin on vaadittavan pinon nukleotidilukumäärä.

9) Jolloin saataisiin, jos olette laskeneet oikein, tuo esittämänne hyvin alhainen todennäköisyys esim. 50 nukleotidin pinolle 2,8 * 10 potenssiin -167.

Elikkä siis summa summarum, ymmärrän että tähän liittyy, ei vain molekyylien kohtaamiset, vaan myös näiden omat syntytodennäköisyydet liemessä omista osapartikkeleistaan. Sekä myös, että molekyylikohtaamisten tapahtumisen lisäksi niiden on tapahduttava oikeassa _asennossa_, jotta saataisiin oikea avaruusrakenne. Näitä olittekin koettaneet huomioida.

Alkutilannehan näissä on otettava "annettuna" - todennäköisyydet on aloitettava jollain valmiiksi oletetuilla partikkeleilla. Näin ollen alkutilan kokonaisuuden todennäköisyys laskelmassa on 1, ja sen "pitoisuus" 100%. Mutta siinä olevien osa-ainesten pitoisuudet ovat kukin jotain alle 100%, mutta niiden yhteenlaskettu pitoisuus on 100%. Po pitoisuus lienee oletettu jollain järkevällä alkuaineiden / -molekyylien pitoisuusyhdistelmällä joka voisi vastata alkumaapallon olosuhteissa tavattavaa. (Tosin olitte tehneet tässä helpottavia oletuksia laboratorio-olosuhteiden suuntaan kun tavoittelitte maksimitodennäköisyyttä. Jos maksimitodennäköisyys laboratorioliemessäkin on äärettömän epätodennäköinen, vielä enemmän alkumaapallon olosuhteissa, voidaan tietenkin oikeutetusti päätellä.)

Ja kun ollaan saatu selville po liuosaltaan pitoisuudet ja siinä olevien RNA-ketjujen todennäköisyydet, voidaan siitä interpoloida vaikkapa koko maapallon kokoisen liuosaltaan (alkumeri) mahdollistamien kohtaamisten synnyttämien RNA-ketjujen lukumäärä. Ja tietysti myös koko maailmankaikkeudessa yhteenlaskettujen edullisten ympäristöjen koko määrään tuottama suuren liuosaltaiden koosteen mahdollistama lukumäärä. Jolloin, näin ajattelen teidän päätelleen, yhdenkin lisääntymiskykyiseksi riittävän pitkän RNA-molekyylin todennäköisyys jäisi reilusti alle 0,5:n, ts. olisi epätodennäköistä koko tunnetun maailmankaikkeuden koon ja iän mittakaavassa. Näin olen käsittänyt kantanne.

Siis kysymykseni kuuluu:

1) pidättekö edelleen kiinni laskelmienne oikeutuksesta, ottaen huomioon yllä siteeraamani kritiikki?

2) olenko käsittänyt oikein liuosten pitoisuuksien ja molekyylien satunnaissynnyn todennäköisyyden yhteyden?

Jätehuollosta

Toinen kuluvan kesän "päävandalisteista" (en enää muista, kumpi) ei ilmeisesti ollut malttanut jättää väläyttämättä wikiteknistä tietämystään myös käyttäjäsivujani mestaroidessaan vaan heitti kaiken riehuntansa lomassa sivunimentätavan korjausehdotuksen, jonka äskettäin toteutin. Tulos vaikuttaisi hyvältä, mutta joko asian luonteesta tai muutoksen toteutustavasta johtuen remontin sivutuotteena jäi neljän tyhjän sivun verran "rakennusjätettä". Paljoa tilaahan ne eivät ilmeisestikään vie, mutta päätin nyt yhtä kaikki käyttää tilaisuutta tämänkin kahvihuonesivun keskustelun avaamiseen, nimittäin tilannetta koskevalla kommenttipyynnöllä. --Apollos 20. elokuuta 2009 kello 19.25 (UTC)

Tekniset ylläpitäjät voivat poistaa sivuja lopullisesti. Mitä sivuja pitäisi poistaa? Mm. tämä? --Himanm`^k 21. elokuuta 2009 kello 07.56 (UTC)

Tehty --Darter 21. elokuuta 2009 kello 17.11 (UTC)

Jotku artikkelit on umppareita

Artikkelit Tieteellinen maailmankatsomus ja Zeitgeist ei jostain syystä anna muokata itseään. Tieteellinen maailmankatsomus toisaalta kyllä antaa tallentaa, mutta tyhjentää samalla koko artikkelin. Ongelmia tuntuu olevan myös kaikissa artikkeleissa, joiden nimessä on "(kirja)". --Otto Pellinen 24. elokuuta 2009 kello 17.46 (UTC)

Kirja-artsujen tapauksessa ongelma johtuu {{kirja-päivitys}} mallineesta (Zeitgeist leffan tapauksessa {{Elokuva-päivitys}}). Se mikä noissa mallineissa bugittaa onkin sitten isompi mysteeri =P --Darter 25. elokuuta 2009 kello 10.38 (UTC)

"Forbidden"

"You do not have permission to access this document. Web Server at apologetiikkawiki.fi" Tuohon tapaan jokin täkäläinen softa haasteleepi, kun koetan päivittää Tarkoituksellisuuspäättelyn kritiikkiä. Onko tämä nyt jotain ylipitkien artsujen torjunta-automatiikkaa vai mitä, ja voisiko sitä siinä tapauksessa valikoivasti höllätä ko. artsun osalta? Tai olisiko täällä jossain esim. jokin toinen nimiavaruus, johon sen pitkän ja yhä venyvän taulukon voisi vaikkapa heivata ja jättää pelkän linkin itse artsuun tms.? --Apollos 10. lokakuuta 2009 kello 02.05 (UTC)

Hmm... joku outu bugi kyseessä - en tiedä mistä johtuu (estoja tuolle artsulle ei ole toistaiseksi määritelty) =/. Itse kyllä saan heitettyä artsuun geneeristä tekstiä. Jos ei sitten muuten onnistu niin pastee vaikka päivitetyt osiot käyttäjäsivullesi, niin kopioidaan ne sieltä. --Darter 10. lokakuuta 2009 kello 03.28 (UTC)

Käsittääkseni ongelman aiheuttaa jotkut mallineet tai wikikoodit. Kannattaa tsekata vaikka ylimääräset wikikoodit ja mallineet kuuseen siitä matskusta, niin saa ainakin tallennettua sen tekstin. Esimerkiks vanhalla wikisoftalla tallennetuista artsuista osa ei tallennu edes tarkalleen samalla sisällöllä tähän uuteen wikisoftaan. Ongelma itsessään johtuu tästä wikisoftan versiosta, josta ollaan kuitenkin vuoden vaihteen paikkeilla päivittämässä uuteen. --Himanm`^k 10. lokakuuta 2009 kello 08.37 (UTC)

Kiitokset ehdotuksista ja kokeiluista! Joku koodijuttu siinä taisi sitten lopulta olla takana: piti vaihtaa tekstin keskeltä lyhyt pätkä jonkinmoista matemaattista notaatiota verbaaliseksi, niin johan taas pelitti. --Apollos 10. lokakuuta 2009 kello 17.11 (UTC)

"Tyhjää täynnä"

Nyt sitten on Tarkoituksellisuuspäättelyn kritiikin kohdalla uusi ongelma: softa ei suostu uskomaan yrittäväni päivittää artikkelia vaan väittää aikovani tyhjentää koko artsun (ikään kuin päällä olisi jokin "itsetuhomoodi"). Muistaakseni samankaltainen ongelma tuli eteen aiemmin (jokseenkin samanpituisen) "Evoluution vastaiset argumentit" -tekstini kanssa. Onkohan tämä nyt sitten jokin softan sisäinen työtilan ylivuoto vai mikä? Voiko tai onko järkevää koettaa auttaa asiaa jonkin parametrin arvoa muuttamalla vai pitäisikö pilkkoa artikkeli osiin? Sattuisiko kellään olemaan ehdotuksia? --Apollos 14. lokakuuta 2009 kello 11.30 (UTC)

Luulen, että ongelman voisi välttää hajauttamalla taulukon kahteen kappaleeseen (esim ===Osa 1===, ===Osa 2=== tms), jolloin kappaleiden koot eivät ylitä 32KB rajaa (vrt. en.wikipedia: If you have problems editing a long article) --Darter 14. lokakuuta 2009 kello 18.51 (UTC)

Myöhästyneet kiitokset – ja tulkoon myös vastaisen varalta tässä todetuksi, että tuo menettely osoittautui toimivaksi. (Kyseisen jutun keskeneräisyydestä ei siis voi syyttää toimintaympäristöä vaan toimijaa itseään.) --Apollos 11. helmikuuta 2010 kello 08.32 (UTC)

"Mediawiki/index.php‎"

Tulin näköjään viime yön kähmeessä kirjoittaneeksi tuonnimisen uuden artikkelin, jonka sisältö ei kylläkään nähdäkseni erityisemmin liity otsikkoon. Lienee helppo nähdä, mitä artsua oli tarkoitus "päivitellä" (ja sen puolen voin kyllä itse hoitaa, päivitystekstistä on kopio omallakin koneella), mutta kenties "tarttis tehrä jotain" tälle "uudelle artikkelille". Mitähän sille siis oikeastaan pitäisi tehdä? --Apollos 11. helmikuuta 2010 kello 08.32 (UTC)

Käyttäjäsivut tuhottu?

Kun yritin päästä käyttäjäsivulleni (jossa piti oleman mm. mielestäni tärkeitä kehitteillä olevia tekstejä), päädyinkin etusivulle. Mistä on kysymys? --Apollos 16. elokuuta 2010 kello 12.30 (UTC)

Ilmiö on näköjään päättynyt, käyttäjäsivulle pääsee taas, ja sisältökin näyttää olevan tallella. Hyvä näin. --Apollos 16. elokuuta 2010 kello 13.48 (UTC)

Rekisteröityminen

Haluaisin rekisteröityä ApoWikin käyttäjäksi, mutta kirjautumissivulla ei rekisteröitymislinkkiä ole, ja rekisteröitymissivu ilmoittaa minulle vain seuraavan viestin: Sinulla ei ole lupaa luoda tätä käyttäjätunnusta seuraavasta syystä johtuen: Pyytämäsi toiminto on rajoitettu ryhmän ylläpitäjät jäsenille. Onkohan vika sivussa vai omassa koneessani ja miten sen saisi ohitettua?

t mahdollinen tuleva käyttäjä

Tervetuloa ApoWikiin! Rekisteröitymissivun ongelma johtui sivulla olleesta virheestä ja on nyt korjattu, joten ei muuta kuin luomaan tunnusta! --Samuli Koivisto 27. lokakuuta 2012 kello 16.06 (UTC)

Sain tunnuksen tehtyä, ja nyt vielä varmistan, että kykenen muokaamaan --Auth test (keskustelu) 2. kesäkuuta 2015 kello 22.46 (EEST)

Mikä ihmeen "Index.php"?

Tulinpa äsken pitkähköstä aikaa kirjoittaneeksi kahvihuoneessa ja koetin kokeilla näköjään uutta ominaisuutta, että voisi suoran linkin kautta kaiketi päästä kirjoittamaan valitulle alasivulle uudesta aiheesta. No, menihän se teksti näemmä jollekin sivulle, muttei sinne, minne oli tarkoitus (Kehitys-alasivulle, joskin olin harkinnut muitakin vaihtoehtoja), vaan jollekin "Index.php"-sivulle. Mistä lienee kysymys? -- Apollos 11. kesäkuuta 2013 kello 09.52 (UTC)

Kahvihuone-mallineessa lukee tosiaan "Kehitys (Uusi aihe): ApologetiikkaWikin kehitykseen liittyvää keskustelua". Jos painaa "Uusi aihe"-linkkiä, tekee se sivun index.php, eli malline ei toimi niinkuin pitäisi. --Samuli Koivisto 11. kesäkuuta 2013 kello 12.37 (UTC)

Korjasin linkit, nyt pitäisi "Uusi aihe" -toimintojen toimia. --Samuli Koivisto (keskustelu) 19. lokakuuta 2013 kello 19.14 (EEST)