Ero sivun ”Poimintaongelma (biokemia)” versioiden välillä
(Työstöä) |
p (Viitteet) |
||
| Rivi 16: | Rivi 16: | ||
==Viitteet== | |||
{{viitteet}} | {{viitteet}} | ||
Versio 2. lokakuuta 2013 kello 22.25
Poimintaongelma (engl. sampling problem) tarkastelee kuinka monella sekvenssiavaruuden peptidisekvenssillä on biologista aktiivisuutta. Kysymys on tärkeä kun halutaan arvioida kuinka todennäköisesti evoluutioteorian mekanismit kykenevät selittämään eri proteiinien synnyn.
Esimerkkejä
β-laktamaasi
Penisiliiniä hajoittavan β-laktamaasi entsyymin pituus on 153 aminohappoa. Kaikki mahdollisia 153 aminohapon mittaisia sekvenssejä, joilla on sama entsymaattinen funktio, ei pystytä tarkasti laskemaan, mutta niiden määrä voidaan estimoida koodisekvenssien analysillä, joilloin on ko. määrälle on saatu arvioksi 10122. Yhteensä eri 153 aminohapon mittaisia sekvenssejä on (kun käytettävissä on 20 proteogeenistä aminohappoa) 20153 ≈ 10199. Toisin sanoen ko. entsymaattisen funktion (E) löytäminen sattumanvaraisen sekvenssin S kautta on p(E|S) = 10122/10199 = 10-77. 12
Viitteet
- ^ Siegfried Scherer, Reinhard Junker: Evoluutio – kriittinen analyysi (2. suomalainen painos), s. 329. Datakirjat, 2007. 978-951-98558-4-4.
- ^ "Estimating the Prevalence of Protein Sequences Adopting Functional Enzyme Folds" (2004). Journal of Molecular Biology 341 (5): 1295–1315. doi:. ISSN 00222836.
