Muokataan osiota sivusta Monimutkaisten järjestelmien synty

===Avida===

''Avida'' on evoluutiobiologian tutkimiseen tarkoitettu keinotekoisen elämän simulointiohjelmisto. Tämä ''MSU Digital evolution lab''in kehittämä ohjelmisto on epäilemättä hehkutetuin lajissaan. Avidan kehitystiimin jäsenen, filosofi Robert Pennockin mukaan ''Avida ei simuloi evoluutiota, vaan on sen ilmentymä''. <ref name="Testing Darwin | Computers | DISCOVER Magazine">{{cite web |url=http://discovermagazine.com/2005/feb/cover |title=Testing Darwin & Computers  DISCOVER Magazine | author = Carl Zimmer | date = 31.2.2005 | format= |work= |accessdate=2010-02-12}}</ref> Richard Lenskin tutkimusryhmä on pyrkinyt sen avulla osoittamaan, että monimutkaiset biologiset järjestelmät voivat kehittyä darwinistisella mekanismilla. Tulosten kriittiseen tarkasteluun voi tutustua [http://www.arn.org/blogs/index.php/2/2008/08/09/avida_as_a_teleo_logic_model_of_life täältä].

Kyetäkseen uskottavasti selittämään, miten monimutkaiset biologiset järjestelmät kykenevät kehittymään darwinistisilla mekanismeilla, avida käyttää kuitenkin epärealistisia lähtöoletuksia;<ref>{{cite web |url=http://citeseerx.ist.psu.edu/viewdoc/download?doi=10.1.1.176.869&rep=rep1&type=pdf |title=Evaluation of neo-Darwinian Theory using the Avida Platform. Part 1. |format=pdf |author = Royal Trueman|date = Oct 9, 2004. |work= |accessdate=2017-04-25}}</ref>{{,}}<ref>{{cite web |url=http://citeseerx.ist.psu.edu/viewdoc/download?doi=10.1.1.176.1570&rep=rep1&type=pdf|title=Evaluation of neo-Darwinian Theory using the Avida Platform. Part 2. |format=pdf |author = Royal Trueman|date = Oct 9, 2004. |work= |accessdate=2017-04-25}}</ref>

#Organismien genomien oletetaan olevan huomattavasti pienempiä kuin mikä on tosiasiassa välttämätöntä.
#* Välttämättömän sekä kokonaisgenomin suhde on lähtötilanteessa 15/50. Genomin täydentymistä arvottomalla geneettisellä materialla kompensoidaan ylimääräisellä aineenvaihduntaenergialla, sen sijaan että organismi kärsisi siitä haittaa kuten luonnossa.
#Mutaationopeudet ovat erittäin suuria suhteessa genomien kokoon.
#Selviytymisen kannalta kriittisiä funktioita on vaikea tuhota mutaatioilla.
#Uusien ja monimutkaisempien funktioiden oletetaan sijaitsevan tilastollisesti merkityksettömän lähellä sekvenssiavaruudessa.
#Uudet funktiot palkitaan dramaattisen korkealla valintaedulla.
#Heikentynyt funktionaalisuus eliminoidaan epärealistisen tehokkaasti.

Tietojenkäsittelytieteen ja kemian tohtori Donald Johnson tiivistää tämän kritiikin seuraavasti; AVIDA käyttää ''"epärealistisen pientä genomia, epärealistisen korkeita mutaationopeuksia, replikaatio-ohjeiden epärealistista suojausta, epärealistisia energiapalkkioita ja kyvyttömyyttä heikentää toiminallisuutta maltillisesti. Tämä ansiosta tutkija voi mielivaltaisesti täsmentää valinnan kannalta edulliset muutokset."''<ref name="urlThe ID Report - Arriving At Intelligence Through The Corridors Of Reason (Part II)">{{cite web |url=https://books.google.fi/books?id=AO8wXVxh1qMC&pg=PA60&lpg=PA60&dq=an+unrealistically+small+genome,+an+unrealistically+high+mutation+rate,+unrealistic+protection+of+replication+instructions,+unrealistic+energy+rewards&source=bl&ots=PWiEpC-TCr&sig=C8_rxNYAJEysXB5HoFSQ35Edzb0&hl=fi&sa=X&ved=0ahUKEwi_w4fGtL_TAhXIKJoKHSSDBpQQ6AEIKzAB#v=onepage&q=an%20unrealistically%20small%20genome%2C%20an%20unrealistically%20high%20mutation%20rate%2C%20unrealistic%20protection%20of%20replication%20instructions%2C%20unrealistic%20energy%20rewards&f=false|title=Programming of Life | quote = "an unrealistically small genome, an unrealistically high mutation rate, unrealistic protection of replication instructions, unrealistic energy rewards and no capability for graceful function degradation. It allows for arbitrary experimenter-specified selective advantages" | date = 2010 | format= |work= |accessdate=2017-05-25}}</ref>

<!-- === Simulointitutkimuksen kokonaisarviointia 

===-->
Edellä esitettyä Avida-kritiikkiä ei suinkaan pidä käsittää vähätteleväksi vaan analyyttiseksi<ref>Kritiikin esittämisen tarkoitus on siis pureutua yksityiskohtiin eikä kuitata koko juttua pelkällä olankohautuksella.</ref>. Simulaatiotutkimukseen ryhtyminen on sinänsä mainio asia, kaikesta siihen liittyvästä hypetyksestä huolimatta<ref>ja osittain juuri sen tähden: hypetys jos mikä osoittaa, että tässä tosiaankin on paras kokeellinen tulos, mitä darvinistit pystyvät tarjoamaan</ref>. Tällaisten järjestelmien kehittely on osaltaan tuomassa evoluutiomekanismeja metafysiikan tasolta testattavan luonnontieteellisen tutkimuksen piiriin, ja tätä on tervehdittävä oikeana ja toivottavasti yhä jatkoa saavana kehityssuuntana.