Abiogeneesi

Abiogeneesi eli kemiallinen evoluutio tarkoittaa elämän syntymistä itsestään elottoman aineen yksinkertaisista yhdisteistä.

Haasteet

Kemiallisen evoluution hypoteesi kohtaa seuraavia haasteita

• Olivatko alkuliemi ja alkuilmakehä hypoteesin mukaiset?
• Miten yksinkertaisista molekyyleistä saadaan tarvittavat aminohapot?
• Miten aminohapoista sadaan samoissa olosuhteissa muodostettua elämän tarvitsemat proteiinit?
• Miten yksinkertaisista molekyyleistä saadaan nukleotidit (DNA:n “kirjaimet”)?
• Miten nukleotideista saadaan pitkä DNA/RNA molekyyli?
• Mistä ilmaantuvat solu, solun monimutkaiset rakenteet ja toiminnot?
• Miten ilmaantuu solun hieno koodausjärjestelmä ja toimiva ohjelmakoodi eli informaatio DNA tai RNA molekyyliin?

Tieteen lähtökohta on kokeellisuus, ilmiöt kokeellisesti todennettavissa ja toistettavissa.

Naturalistisen ajattelun lähtökohta on, että kaikki voidaan selittää luonnollisten prosessien kautta. Naturalistisen ajattelun seuraus on, että elämän on täytynyt syntyä itsestään ja kehittyä korkeammiksi eliöiksi sattuman (ja luonnonvalinnan) kautta.

Kysymys elämän synnystä on luonteeltaan historiallinen. Tapahtumat eivät ole suoraan kokeellisesti todennettavissa. Kyseeseen tulevat aihetodisteet ja teoreettiset mallit, jotka ovat testattava saatavissa olevan tiedon ja kokeellisen aineiston avulla. Elämän synty ei siis ole puhtaan tieteellinen kysymys, mutta aihetodisteita voidaan tarkkailla tieteellisesti

Suurista ongelmista huolimatta monet ajattelevat, että joissain olosuhteissa elämä voisi syntyä kuolleesta aineesta. Naturalistinen maailmankatsomus ja filosofia vaikuttavat voimakkaasti.

“Kemiallinen evoluutio”: elämän synty itsestään yksinkertaisista yhdisteistä

Yksinkertaisista epäorgaanisista yhdisteistä pitäisi järjestäytyä hyvin monimutkainen, itsensä monistamiseen kykenevä systeemi ja lopulta ensimmäinen solu. Se, onko tämä evoluutiota, riippuu täysin siitä kuinka laajassa merkityksessä sanaa käytetään. (Joskus evoluutioon uskovat haluavat eristää mahdottoman abiogeneesin evoluutiosta erilleen, joskus taas sanalla evoluutio tarkoitetaan mitä tahansa muutosta) Joka tapauksessa kemialliset yhdisteet eivät voi lisääntyä, luonnonvalinta ei vaikuta, evoluutiomekanismista on mukana ainoastaan sattuma. Tarkempi termi on abiogeneesi.

Solun "työyhteisöstä"

Solu on täynnä erilaisia järjestelmiä; jokaisella järjestelmällä ja yhdisteellä on tehtävänsä kokonaisuuden hyväksi. solu on siis kuin valtava “työyhteisö”. Solua on usein verrattu toiminnalliseti suurkaupunkiin. Tutustuminen biokemian oppikirjoihin on erittäin valaisevaa; solu on hyvin monimutkainen.

Joitain yhdisteryhmiä elävässä solussa

• Proteiinit, pitkiä aminohappoketjuja erityisessä muodossa. Toimivat mitä erilaisimmissa tehtävissä. “monialaosaajat”, "duunarit", “erikoisasiantuntijat”.
• Lipidit (rasvat), solun kalvorakenteet ja energianlähde. “kaupungin muuri”, "polttoöljy"
• Hiilihydraatit (sokerit), esim. aineenvaihdunnassa energianlähde, toimivat myös tunnistusaineina. “akkukennostot”, "tienviitat"
• DNA/RNA, perintöaines (kuuluisa kaksoiskierre),"arkisto"

Mitä tiedämme solusta?

Darvinin aikaan solu oli "musta laatikko". 1950-luvulle asti tieto ja ymmärrys soluista oli hyvin vajavaista. Nykyinen tieto ja ymmärrys elävän solun osista on kattava, vaikkei solun toimintaa ymmärretäkään kuin osin. Vuosikymmenien uuttera biokemiallinen tutkimus on kantanut paljon hedelmää. Kemiallisesti voidaan selittää ja ymmärtää miksi asiat tapahtuvat solussa niinkuin ne tapahtuvat. Alle atomitason ei ole tarvetta mennä solun toiminnan ymmärtämiseksi; tutkimusmenetelmät atomi- ja molekyylitasolla ovat riittäviä.

Koska myös “tavallista” kemiaa ymmärretään nykyisin erittäin hyvin, voidaan ehdottujen kemiallisien evoluutioskenaarioden uskottavuutta arvioida luotettavasti

Abiogeneesin ongelmia

kokeelliset havainnot viittaavat pelkästään siihen, että “elämä syntyy vain elämästä”. Kemiallisen evoluutioskenaarion todistusaineiston tulisi olla erittäin hyvä ja kattava/kiistaton, jotta teoria olisi vakuuttava. Toisaalta “Päättelyketju on yhtä vahva kuin sen heikoin lenkki”

Alkuliemi ja alkuilmakehä

Nykyinen hypoteesi: alkuilmakehässä tapahtuvat kemialliset reaktiot tuottivat yksinkertaisia “elämän rakennusaineita”, mitkä kulkeutuivat alkuliemeen. Oletuksena pelkistävä ilmakehä (ei happea):vain H2O, CO2, N2, H2 sekä esim. NH3, CO, CH4. Happi ilmakehässä estäisi aminohappojen, sokereiden ja typpipitoisten nukleotiidien synteesin

Alkuilmakehän olosuhteet ovat kaiken kaikkiaan erittäin spekulatiivisia; kokeellinen havaintoaineisto ei ole yhtäpitävä.

Kokeelliset simulaatiot:Aminohapot alkuilmakehässä

Stanley Miller, 1953, pelkistävän ilmakehän simulaatiokoe:

• olosuhteiden optimointi, jotta aminohappoja saataisiin syntymään (ei realistista)
• poistettiin selektiivisesti tuotteita reaktioseoksesta (ei realistista)
• lähes jokaista elämän käyttämää 20:tä aminohappoa on saatu syntymään Miller-tyyppisesti poikkeuksena typpeä sisältävät aminohapot
• yksittäisessä kokeessa yleensä saadaan aikaan vain muutamia aminohappoja (max. 13 kpl)

Julkisuus: “Elämää syntyi koeputkessa”

Kokeelliset simulaatiot:Aminohapot alkuilmakehässä

• Problemaattinen kehä hapen suhteen:Jos alkuilmakehässä oli happea -> aminohappojen synteesi estyy. Jos alkuilmakehässä ei ollut happea -> ilmakehässä ei ollut myöskään otsonia -> voimakas UV-säteily. Mahdollisesti syntyneistä aminohapoista 97% hajoaa UV- säteilyn vaikutuksesta ilmakehässä (matkalla mereen)

Kokeelliset simulaatiot:Alkuliemi täynnä aminohappoja?

• Ei geologista näyttöä
• mm. ei suuria määriä orgaanista materiaalia kivikerrostumissa fossiilikerrostumien alla
• Toivottujen yhdisteiden stabiilisuus on ongelma: yhdisteet hajoavat mm. UV-säteilyn vaikutuksesta. UV-säteilyn läpäisy vedessä on noin 19 m
• Alkuliemessä olisi teoreellisesti vain erittäin pieni pitoisuus aminohappoja (<10-7 mol/l)
• Sivureaktiot häiritsevien yhdisteiden kanssa. Alkuilmakehän simulaatiokokeissa syntyy suuri määrä yhdisteitä, jotka reagoivat aminohappojen kanssa (jolloin aminohapot eivät ole käytettävissä jatkoreaktoihin)

Aminohapoista Proteiineiksi

Ehdotetun ketjun toinenkin lenkki on hyvin heikko:

• Proteiinien syntetisoimiseksi aminohappojen tulee liittyä toisiinsa peptidisidoksilla muodostaen pitkiä ketjuja, joista lopulta voisi muodostua proteiineja
• Simulaatiokokeissa syntyy suuri määrä ketjynmuodostusta häiritseviä monofunktionaalisia yhdisteitä (esim. karboksyylihappoja)
• Synteesit aloitetaan puhtaista lähtöaineista. Täysin epärealistista (vrt. alkuliemikokeiden tulokset)
• Kiraalisuus eli optinen isomeria (peilikuvaisomeria) suuri ongelma. L- ja D-muodot: molekyylit kemiallisesti samanlaisia, ero molekyylin 3D-rakenteessa.

Nukleotidit

Nukleotidit (typpiemäkset) ovat DNA:n ja RNA:n "aakkosia". Nukleotidien saanti (DNA/RNA varten) kohtaa paljon ongelmia. Nukleotidejä voidaan syntetisoida syaanivedystä. Ongelmana synteesissä ovat pieni saanto (<0,5%), nukleotidien stabiilius sekä jatkoreaktiot muiden yhdisteiden kanssa. Sokerit muodostavat DNA:n ja RNA:n “selkärangan”. Riboosia voidaan syntetisoida formaldehydistä. Ongelmana yhdisteiden stabiilius ja hyvin kirjavat tulokset, vaikka käytetään hyvin puhtaita lähtöaineita, joita alkuliemessä ei olisi saatavilla. Syaanivety ja formaldehydi reagoivat keskenään, jolloin nukleotidien ja sokereiden synteesit eivät onnistu yhtä aikaa.

DNA/RNA

DNA: esim. 580 000 nukleotidia, “kirjainta”. Kokeelliset synteesit aloitetaan puhtaista,monimutkaisista yhdisteistä. Epärealistista (vrt. alkuliemikokeiden tulokset, joita ei käytännössä DNA:n osalta ole).

• yhdisteet eivät spontaanisti muodosta DNA:ta/RNA:ta. Ongelmana stabiilisuus sekä häiritsevät sivureaktiot
• kiraalisuusongelma kuten proteiinien tapauksessa. DNA: D-deoksiriboosi, RNA: D-riboosi. Erittäin pienet todennäkoisyydet saada optisesti puhtaita pitkiä ketjuja (vrt. proteiinit)

Koodijärjestelmän alkuperän ongelma

DNA tarvitsee proteiineja (>50 kpl) työstämiseensä (transkriptio; koodin lukeminen), mutta nämä proteiinit koodataan itse DNA:ssa. Tämä on yksi kehitysopin “Kumpi oli ensin: muna vai kana”-ongelma. RNA-maailmaa on ehdotettu ratkaisuksi, mutta siinä ongelmana RNA:n muodostuminen, stabiilisuus sekä siirtyminen hypoteettisesta RNA-maailmasta nykyiseen elämän käyttämään koodausjärjestelmään.

Koodausjärjestelmän “kana”Ribosomi. Ribosomi on noin 50 proteiinin ja RNA:n muodostama “kasausrobotti” proteiinisynteesissä (aminohappojen ketjutus DNA:n koodin mukaan).

Solu ja solukalvo

Solulla oltava kalvo. Solukalvo mm. eristää solun sisällön ympäristöstä ja hoitaa aineiden tunnistusta ja kuljetusta soluun/solusta. Kalvolla on monimutkainen rakenne, pelkkä ympäristöstä eristäminen ei riitä, sillä se estää aineenvaihdunnan. Sama kuin laittaisi muovipussin pään ympärille. Kalvossa on erilaisia proteiineja, fosfolipidejä, glygolipidejä, ... Solukalvon on oltava erittäin spesifinen toiminnassaan (aineenvaihdunta, ionikuljetus). Toiminnallisuuden (eristys, tunnistus, kuljetus) oltava heti alusta asti. Biomembraanit ja soluorganellit syntyvät vain olemassa olevista jakautumalla, niitä ei pystytä syntetisoimaan de novo, eli osistaan (molekyyleistä). Kauanko ensimmäistä ateriaa voi odottaa?

Solun aineenvaihdunta on erittäin monimutkainen

• kytkee lukemattomat kemialliset reaktiot solun toiminnan kannalta järkeväksi kokonaisuudeksi
• yksi keskeisimpiä reaktioketjuja on ravintoaineiden käyttö solun energiatarpeisiin
• Solun aineenvaihdunnassa “syömisessä” nopeus on erittäin tärkeää
• proteiinit (entsyymit), jotka koodataan DNA:ssa nopeuttavat aineenvaihduntareaktioita miljoonakertaisesti. Entsyymit ovat elämälle välttämättömiä.

Ongelmana on, miten ensimmäisessä solussa olisi sattumalta kaikki aineenvaihdunnan tarvitsemat entsyymit. Entsyymikoneiston tulee olla valmiina, jotta hypoteettinen ensimmäinen solu voisi elää.

“Yksinkertainen” solu

Solu on kuin monimutkainen, toimiva kaupunki (esim. Lontoo). Mycoplasma genitalium on yksinkertaisin tuntemamme bakteeri (tosin se on loisbakteeri, joka on riippuvainen muista eliöistä). Perimä 470 geniä, noin 580 000 nukleotiidia “kirjainta” DNA-koodissa. Vakuuttavassa naturalistisessa kemiallisen evoluution mallissa täytyisi saavuttaa vähintään tämän bakteerin monimutkaisuus ja toiminnallisuus. Mitään tälläistä vakavasti otettavaa mallia ei ole olemassa. Todellisuudessa tälläistä bakteeria ei voida saada aikaan yksinkertaisista molekyyleistä sattuman avulla. Syy tähän on se, että DNA koodin ja muiden solun osasten informaation todennäköisyys laskee exponentiaalisesti koodin pituuden funktiona. Hyvin nopeasti todennäköisyydet ovat pienempiä kuin mitä esim. atomeja ja aikaa olisi alkuliemessä tai edes koko universumissa.

Informaation alkuperä

Ehdotetun ketjun viimeinenkin lenkki on viallinen.

• Koodijärjestelmän alkuperä? Koodijärjestelmä muodostuu sovitusta merkeistä: kirjaimet, sanat, yhdistelysäännöt, tarkoitus. Miten koodijärjestelmä voisi syntyä sattuman kautta?
• DNA on informaatiota kantava molekyyli. Koodin luku tapahtuu lukuisten entsyymien ja muiden koneistojen avulla. Näiden täytyy olla valmiina jotta itse koodilla tekee mitään.
• Koodijärjestelmä on vieläpä monessa mielessä optimaalinen. Miksi olisi osuttu juuri optimaaliseen järjestelmään?
• Informaatio ei ole aineen ominaisuus. Aineen avulla informaatiota voidaan välittää ja säilyttää. Esimerkki: SOS voidaan ilmaista eri tavoin: savu taivaalla, ääni ilmassa, solmut narussa, muste paperilla, urat hiekassa. VIESTI on oleellista, ei media. Informaatio “ratsastaa” aineella.

Toiminnallisen informaation synty

Tyhjä tai sattumanvarainen CD aivan eri asia kuin CD Bachin musiikkia. Miten toiminnallisesti mielekäs informaatio voi syntyä sattuman kautta? Elämän monimutkaisuus viittaa suunnitteluun. Empiirinen havaintomme on, että suurien toiminnallisten informaatiomäärien lähde on älyllinen suunnittelija. Kokeellisen tiedon valossa ei näytä järkevältä uskoa elämän syntyyn itsestään

Tiedeyhteisö ei kuitenkaan ole neutraali alkuperäkysymyksessä. Naturalistinen tieteenfilosofia määrää edeltäkäsin, että jonkinlainen abiogeneesi on ainoa 'tieteellinen' hypoteesi. Tällä ei ole mitään tekemistä kokeellisen tieteen kanssa, johtopäätös on päätetty ennen tutkimusta. Matodologienn naturalismi johtaa siis pitäytymiseen evoluutioteoriassa ja muiden teorioiden halveksiminen todisteista huolimatta. Esim. Richard Dawkins: "Elämä näyttää suunnitellulta, muttei ole sitä"

Toisaalta toisenlaisissa kysymyksissä sama logiikka suunnittelijasta hyväksytään. Esim. NASA:n S.E.T.I.-ohjelmassa suunnittelija selityksenä otetaan käyttöön paljon pienemmille informaatiomäärille, mikäli niitä havaittaisiin. Sattumanvaraisesta kohinasta poikkeava informaatio/viesti kertoo älystä. Vaihtamalla teleskooppi mikroskooppiin voisi päätellä DNA:n informaation/viestin tai elävien olentojen hienostuneiden koneistojen kertovan älykkäästä suunnittelijasta

Yhteenveto

Naturalistinen kemiallisen evoluution malli ei ole vakuuttava. Kemiallisen evoluution hypoteesissa ja sen kulun “ketjussa” on suuria ongelmia

• yksinkertaisten epäorgaanisten molekyylien ja yksinkertaisten orgaanisten molekyylien välillä
• yksinkertaisen orgaanisten molekyylien ja monimutkaisten biomolekyylien välillä
• biomolekyylien ja elävän solun välillä
• erityisesti puhtaus-, kiraalisuus- ja sivureaktio-ongemat
• Mycoplasma genitalium; vain 470 geeniä (proteiinia), mutta silti eliö erittäin monimutkainen, eikä tiede ole päässyt lähellekkään eliön synnyn kuvausta sattumanvaraisten prosessien kautta
• ratkaisua ei näköpiirissä

Kemiassa ei ole mitään taipumusta kohti elämää, pikemminkin päin vastoin. Orgaaninen materia hajoaa spontaanisti, solun täytyy jatkuvasti käyttää korjaussysteemejään. Nykyinen tieto soluista on riittävän kattavaa, alle atomitason ei ole tarvetta mennä selitysmalleissa. Naturalistinen elämän synty sattuman kautta näyttää mahdottomalta. Kuitenkaan naturalistisista malleista ei olla valmiita luopumaan. Kyseessä on sokea usko, ristiriidassa havaintoaineiston kanssa (esim. elämä syntyy vain elämästä). Julkisuudessa esitetään, että evoluutio ja elämän synty itsestään ovat itsestään selvyyksiä, tapahtuneita tosiasioita, ongelmia vähätellään, niitä voidaan tuoda julki vasta kun koetaan että on kehitetty jokin tapa ohittaa ongelma.

Vallitseva ajatusmalli on, että “Elämää syntyy helposti kun vain on aikaa tarpeeksi”. Pitkällä aikajänteellä yritetään “selittää” ongelmia. Odottamalla kemiassa päästään tasapainotilaan. Kemialliset reaktiot ovat tasapainoreaktioita. Biomolekyylien spontaani hajoaminen on todennäköisempää kuin niiden muodostuminen. Elämän kemia toimii tyypillisesti kaukana tasapainotilasta

Nykyisen tiedon, tietotaidon ja laitteistojen avulla emme pysty rakentamaan eläviä soluja tai edes soluorganelleja/solurakenteita yksinkertaisista molekyyleistä. Elämään tarvitaan paljon hienostuneita ja monimutkaisia, vuorovaikuttavia systeemejä. Edes kattava tieteellinen tieto ja älykkyys eivät ole saaneet aikaan reseptiä elävän solun synnyttämiseksi. Olosuhteet olisi mahdollista kontrolloida hyvin tarkasti laboratorio-oloissa ja suunnitella prosessit optimaalisesti. Miten elävä solu sitten voisi syntyä sattumalta ja täysin kontrolloimattomissa olosuhteissa ilman mitään ohjausta/kontrollia? Sattuma ei pysty luomaan “tyhjästä” elämän kannalta ratkaisevia koneistoja ja rakenteita. Mikäli tulevaisuudessa pystyisimme rakentamaan eläviä soluja, se osoittaisi, että elämän synnyttämiseen tarvitaan paljon informaatiota ja suunnittelua sekä taitava, tarkoitushakuinen työn tekijä. Kokeellisen tiedon valossa elämä ja sen synty vaikuttaa vahvasti suunnitellulta.

Kirjallisuutta

• Scherer, S., Junker, R., (suom. Leisola, M.) Evoluutio- kriittinen analyysi, Datakirjat Oy, Lahti 2000.
• Bird, W.R., The Origin of Species Revisited, Vol 1., Thomas Nelson Inc., Nashville 1991.
• Johnson, P.E., Darwin on Trial, Monarch Publications, Crowborough 1991.
• Proteiinitietopankki www.rcsb.org/pdb/