Muokataan osiota sivusta Käyttäjä:Apollos/Harjoituskenttä/Argumentaatioanalyysiä

==== Avida (Lenski&ndash;Ofria&ndash;Pennock&ndash;Adami: ''Nature'', 2003) ====

Tarkastetaanpa siis nyt ensin Avida-asiaa Google-haun avulla löytynyttä [http://chaos.swarthmore.edu/courses/SOC002a/Nature_EvoComplex.pdf lähdettä] apuna käyttäen. &ndash; Esitysteknisenä ratkaisuna on lähdeartikkelin ingressin taulukkoanalyysi ja sen jälkeinen täydentävä kommentointi.

===== Tutkimusartikkelin tiivistelmä =====

{| {{prettytable}}
|-
!{{hl2}} | Teksti
!{{hl2}} | Kommentti
!{{hl2}} | 
!{{hl2}} | 
!{{hl2}} | 

|-
|A long-standing challenge to evolutionary theory has been whether it can explain the origin of complex organismal features.
|Varsin rehellisesti myönnetään ongelman jatkuva olemassaolo.
|
|
|

|-
|We examined this issue using digital organisms—computer programs that self-replicate, mutate, compete and evolve.
|Selvitetään tiivistetysti, mitä asialle on nyt tehty.
|
|
|

|-
|Populations of digital organisms often evolved the ability to perform complex logic functions requiring the coordinated execution of many genomic instructions. Complex functions evolved by building on simpler functions that had evolved earlier, provided that these were also selectively favoured. However, no particular intermediate stage was essential for evolving complex functions. The first genotypes able to perform complex functions differed from their non-performing parents by only one or two mutations, but differed from the ancestor by many mutations that were also crucial to the new functions. In some cases, mutations that were deleterious when they appeared served as stepping-stones in the evolution of complex features. These findings show how complex functions can originate by random mutation and natural selection.
|Referoidaan keskeiset havaintotulokset. Sinänsä asiallinen esitys, joskin viimeinen virke jättää ehkä tarkoituksellisesti epäselväksi, puhutaanko vain simuloimalla tutkittujen systeemien funktioista vai edellytetäänkö tulosten jotenkin automaattisesti yleistyvän biologian puolelle.
|
|
|

|-
|
|
|
|
|

|-
|
|
|
|
|

|-
|
|
|
|
|

|-
|
|
|
|
|

|-
|
|
|
|
|

|-
|
|
|
|
|

|-
|
|
|
|
|

|-
|
|
|
|
|

|}


===== Raportoitujen tulosten referointia =====

Mitä nämä tutkijat sitten oman selontekonsa mukaan tarkkaan ottaen havaitsivat? He onnistuivat laatimaan tietokoneohjelman<ref>"Simulaatio" on tässä yhteydessä varsin harhaanjohtava luonnehdinta, sillä kyseinen sinänsä näppärä viritelmä ei ole millään ilmeisellä tavalla analoginen biologisen elämän kanssa. Se toimii kyllä darvinististyyppisen evoluutiomekanismin kokeiluympäristönä muttei anna syytä olettaa, että tällainen mekanismi sopisi nimenomaan biosfäärin monimuotoisuuden selitykseksi.</ref>, joka pyöritti 3.600:n "organismiksi" kutsutun, rinnakkain ajettavan erillisen ohjelman (hilaksi organisoitua) tarhaa, jossa 100.000 päivityskierroksen aikana saattoi kehittyä<ref>Selonteon mukaan tämä onnistui 50 yrittämällä 23 kertaa eli 46 %:ssa ajokerroista.</ref> sellainen ohjelma, joka laski kahden bittijonon bittikohtaisen ekvivalenssifunktion<ref>Toisin sanoen ohjelma tulosti bittijonon, jossa oli 0-bitti niillä kohdilla, joilla syötejonojen bitit olivat erilaiset, ja 1-bitti niillä kohdilla, joilla syötejonojen bitit olivat samanlaiset; tätä sitten hehkutettiin "monimutkaisen funktion syntynä".</ref>. Lisäksi näihin "hilaohjelmiin" kehittyi yksinkertaisemmin toteutettavissa olevia loogisia bittijonofunktioita. Jo alun perin käytettävissä oli operaatiot, joilla nämä funktiot saattoi toteuttaa, kyse oli vain siitä, että satunnaismutaatio-valintaetumenetelmä onnistui löytämään sellaisia operaatiokombinaatioita, jotka todella toteuttivat ne. Tällä "tekoelämällä" ei ollut muuta toiminnallisuutta kuin että se suoritti esimääritellyistä operaatioista muodostuvaa koodia. Kaikki "organismit" pysyivät suoritteistaan riippumatta "hengissä" eli toiminnassa siihen asti, kun joutuivat mahdollisesti päällekirjoitetuksi naapuriin sijoitetun "organismin" suorittaessa koodinpätkän, joka aiheutti suorittajaohjelmansa (mahdollisesti mutatoivan) kopioimisen huono-onnisen naapurinsa paikalle. "Organismeja" rangaistiin koodinsa lyhyydestä ja vastaavasti palkittiin koodinsa pituudesta<ref>niin, että kunkin ohjelman koko koodin läpiajaminen kesti pituudestaan riippumatta lähtökohtaisesti (siis ennen mahdollisesti suorittamistaan loogisista operaatioista annettujen palkintojen huomioonottamista) yhtä monta päivityskierrosta</ref> &ndash; ja '''varsinkin''' loogisten bittijonofunktioiden suorittamisesta.

"Myötäkarvaan tulkittuna" tämän kokeellisen tuloksen voi siis sanoa osoittaneen sen &ndash; järjelle jo etukäteenkin ilmeisen &ndash; tosiseikan, että darvinistinen mekanismi on periaatteessa toimiva eli sillä tavalla voi tapahtua<ref>sopivassa älyllisen suunnitelman mukaan valmistetussa ympäristössä kuten tietokoneessa</ref> tietynlaista kehitystä<ref>Olennaiset palkinnot ja rangaistukset tässä tulivat kylläkin ajettavien ohjelmien ulkopuolisen ''älyllisen tahon nimenomaisesti ennaltamäärääminä'', joten mistään ''luonnonvalinnasta'' ei todellakaan voi puhua.</ref>. Koska kuitenkin oli jo alun perin selvää, että ainoastaan darvinismin toimivuutta osoittavaksi tulkittavissa oleva tulos voitaisiin julkaista<ref>Vai kuvitelleeko joku kenties tosissaan, että ''Nature'' olisi julkaissut jonkin sentapaisen artikkelin, joka olisi voitu otsikoida: ''"Darwin in doubt &ndash; computer simulation failes to evolve complex features"''?</ref>, systeemiä on mitä ilmeisimmin täytynyt viritellä niin "turboksi", että halutut tulokset lopultakin putkahtivat siitä esiin.<ref>Tämä on pääteltävissä siitäkin, että haluttu tulos siis syntyi näilläkin virityksillä vain alle puolessa koeajoista &ndash; virittelyjen osittainenkin purkaminen olisi mitä ilmeisimmin johtanut tuloksen romahtamiseen.</ref> Olennainen informaatio ei tässä siis olekaan se, ''syntyikö'' haluttuja tuloksia vaan ''millä hinnalla niitä saatiin syntymään''.

===== Kvantitatiivisia huomioita =====

Lähdeartikkelista ilmenee, että "halutunlaisen evoluution" mahdollistamiseksi "organismeja" jouduttiin hyvittelemään ''sangen'' ruhtinaallisesti: niiden suhteellista ajonopeutta moninkertaistettiin moninkertaistamistaan näiden suoritteiden johdosta &ndash; koodi, joka pystyi kaikkiin palkittuihin loogisiin operaatioihin, sai prosessoriaikaa 2<sup>25</sup>- eli peräti 33.554.432-kertaisesti "täysin kehittymättömään" koodiin verrattuna. &ndash; "Melko reilua", eikö totta? Tämähän itse asiassa vastaa sitä, että jos "alkukoodi" olisi ryöminyt ''millimetrin puolessa minuutissa'', niin "loppukoodi" porhaltaisi vastaavasti ''yli kilometrin sekunnissa''.<ref>Toinen tapa nopeuseron havainnollistamiseen on todeta, että siinä ajassa, kun "alkukoodi" etenisi metrin, loppukoodi olisi ehtinyt taittaa yli 80 % matkasta maapallon ympäri!</ref>

Senkin voi vielä todeta, että '''Avida-projekti on vaatinut huomattavan määrän älyllistä suunnittelua'''. Projektin läpiviemiseen on tarvittu mm.
# 26 erilaisen, älyllisen suunnittelijan edeltä käsin tarkoituksiinsa sopivaksi määrittelemän ''hilaohjelmaoperaation valikoima''  ja
# älyllisen suunnittelijan näitä operaatioita käyttäen valmiiksi ohjelmoima ''kopioitumiskoodi''  sekä
# 3.600 "organismille" riittävä ''"alustahila"'' eli virtuaaliympäristö, joka mahdollistaa "organismien" naapuruussuhteiden huomioonottamisen koeajoissa.

Edelleen
# kukin hilaohjelma eli "organismi" on Avida-projektia varten erikseen määritellyistä operaatioista rakentuvia ''ohjelmia ajamaan älyllisesti suunniteltu'', ja siksi sen varustukseen kuuluu
## kolme sisäistä ''bittijonorekisteriä'',
## kaksi sisäistä ''bittijonopinoa'' ynnä
## ''bittijonojen syöttö- ja tulostustoiminnallisuus''.
# Lisäksi kunkin koeajon lähtötilanteessa kuhunkin "organismiin" on asennettu varta vasten tarkoituksella rakennettu ''aloitusohjelma'', joka sisältää 
## mainitunlaisen ''kopioitumiskoodin'' ja sen lisäksi
## varta vasten ''mutatoitumisvaraksi'' jätettyä "tyhjää koodia".

Kukin Avida-koeajo
# ensinnäkin alkaa älyllisen suunnittelijan ''varta vasten käynnistämänä'',
# sitten pohjustaa simuloidun evoluution ''rakentamalla ja täyttämällä alustahilan'' "kloonatuilla organismeilla" eli 3.600:lla keskenään samanlaisella, periaatteessa rinnakkain<ref>käytännössä oletettavasti vuorotellen, mutta käytetty ratkaisu ei tässä liene kovin olennainen</ref> ajettavalla hilaohjelmalla älyllisen suunnitelman mukaan,
# aloittaa sitten varsinaiset, älyllisesti ''ohjelmoidut päivityskierrokset'' ja jatkaa niitä,
# kunnes lopulta päättyy ''ennaltamäärätysti'' niin ikään älyllisen suunnittelijan säätämän päivityskierrosmäärän täytyttyä.

===== Loppupäätelmiä =====

Avida-järjestelmän synnyn tai käytön ei näin ollen missään tapauksessa voi sanoa antavan ainakaan mitään sensuuntaista viitettä, että biologinen elämä<ref>tai mikään itsekopioituva systeemi</ref> olisi voinut ''alun perin syntyä tarkoituksettomasti itsestään'': ilman älyllisten suunnittelijoiden tarkoitushakuista toimintaa ei Avidaa olisi olemassakaan, eikä Avida-ajon aikana tapahdu mitään, mikä ei sisältyisi älyllisesti laaditun ohjelmakoodin toimintaan.

Kaikki edellä todettu huomioonottaen ei liene kohtuutonta verrata saadulle tulokselle annettua "biologisen evoluution todisteen" asemaa siihen, jos jossain erittäin tarkassa mittauksessa havaittua neutronien välistä painovoimaa haluttaisiin käyttää sellaisen teorian pönkittämiseen, että pelkkä painovoima riittäisi pitämään atomiytimet koossa: kummassakin tapauksessa saadut tulokset ovat kyllä tietyssä mielessä laadullisesti toivotun suuntaisia, mutta määrällisesti ''täysin'' riittämättömiä.<ref>Avida sinänsä on kyllä aivan kiinnostava systeemi, ei siinä mitään: darvinististyyppisten mekanismien tehon simulaatiokokeellinen mittaaminen on ylipäänsäkin kaikin puolin kannatettava tutkimussuunta, jolle toivottavasti saadaan vielä jatkoa.</ref>

Siispä on todettava, että Behen IC-argumentin runttausyritys Avida-artikkeliin viittaamalla kääntyy loppujen lopuksi itseään vastaan, ja sellaisen yrittäminen onkin ymmärrettävää ainoastaan darvinistien käännetyn todistustaakan mentaliteetin synkkää taustaa vasten: koska darvinismi "on totta", niin kaikki sen puolesta puhuviksi tulkittavissa olevat seikat ovat "vakuuttavia tieteellisiä todisteita" ja kaikki sitä vastaan puhuvat "pelkkää tieteenvastaista propagandaa". Tällähän tavalla se tiede vasta itseään korjaakin &ndash; jokseenkin yhtä hyvällä hyötysuhteella kuin millä darvinistinen mekanismi osoittautui Avidassa toimivan!