Muokataan osiota sivusta Käyttäjä:Apollos/Harjoituskenttä/Argumentaatioanalyysiä

=== Pääosan jälkimmäinen vaihe ===

{| {{prettytable}}
|-
!{{hl2}} | Tekstirunko
!{{hl2}} | Tekstirungossa suora tutkimusartikkelin otsikon siteeraus
!{{hl2}} | Tekstirungossa suora tutkimusartikkelin tiivistelmäosan siteeraus
!{{hl2}} | Tekstirungossa tutkimusartikkeliin osoittava lähdeviite
!{{hl2}} | Perustelematon syytös

|-
|2.
Lenski et al have demonstrated that complex features can evolve by expanding earlier, simpler functions, and that an intermediate stage is not necessary for this evolution. Thus, they have demonstrated how to reconstruct a complete evolutionary history of a complex genetically encoded function. Their computations vindicate Darwin's idea that the target of natural selection constantly changes, and that the complex feature of today may share very little with the original function. Darwin wrote, "if we look to an organ common to all the members of a large class in order to discover the early transitional grades through which the organ has passed, we should have to look to very ancient ancestral forms, long since become extinct."

The work of Lenski et al and the experiments of Bridgham et al (below) demonstrate that Behe's
|
|
|
|

|-
|
|
|
|
|contrived

|-
|challenge to Darwinian evolution, namely "irreducible complexity", is not a valid criticism of the mechanisms of evolution. The two groups have demonstrated that complex systems can evolve and lend disproof to the claim that complex systems must have been designed.
|
|
|
|

|-
|The evolutionary origin of complex features.
|X
|
|
|

|-
|A long-standing challenge to evolutionary theory has been whether it can explain the origin of complex organismal features. We examined this issue using digital organisms--computer programs that self-replicate, mutate, compete and evolve. Populations of digital organisms often evolved the ability to perform complex logic functions requiring the coordinated execution of many genomic instructions. Complex functions evolved by building on simpler functions that had evolved earlier, provided that these were also selectively favoured. However, no particular intermediate stage was essential for evolving complex functions. The first genotypes able to perform complex functions differed from their non-performing parents by only one or two mutations, but differed from the ancestor by many mutations that were also crucial to the new functions. In some cases, mutations that were deleterious when they appeared served as stepping-stones in the evolution of complex features. These findings show how complex functions can originate by random mutation and natural selection.
|
|X
|
|

|-
|Lenski RE, Ofria C, Pennock RT, Adami C. The evolutionary origin of complex features. Nature. 2003 May 8;423(6936):139-44.
|
|
|X
|

|-
|Lock before Key: Entrez PubMed:
|
|
|
|

|-
|"According to Darwinian theory, complexity evolves by a stepwise process of elaboration and optimization under natural selection. Biological systems composed of tightly integrated parts seem to challenge this view, because it is not obvious how any element's function can be selected for unless the partners with which it interacts are already present. Here we demonstrate how an integrated molecular system-the specific functional interaction between the steroid hormone aldosterone and its partner the mineralocorticoid receptor-evolved by a stepwise Darwinian process. Using ancestral gene resurrection, we show that, long before the hormone evolved, the receptor's affinity for aldosterone was present as a structural by-product of its partnership with chemically similar, more ancient ligands. Introducing two amino acid changes into the ancestral sequence recapitulates the evolution of present-day receptor specificity. Our results indicate that tight interactions can evolve by molecular exploitation-recruitment of an older molecule, previously constrained for a different role, into a new functional complex."
|
|X
|
|

|-
|Bridgham JT, Carroll SM, Thornton JW. Evolution of hormone-receptor complexity by molecular exploitation. Science. 2006 Apr 7;312(5770):97-101.Comment in: Science. 2006 Apr 7;312(5770):61-3.
|
|
|X
|

|-
|
|
|
|
|

|}

Tässä osassa on blogiartikkelin varsinainen näyttö. Tässä nyt sitten vihdoin vedotaan joihinkin konkreettisiin ja kenties jopa suoranaisesti relevantteihin tuloksiin, joihin annetaan myös riittävät viitteet asian tarkastamiseksi.

==== Avida (Lenski&ndash;Ofria&ndash;Pennock&ndash;Adami: ''Nature'', 2003) ====

Tarkastetaanpa siis nyt ensin Avida-asiaa Google-haun avulla löytynyttä [http://chaos.swarthmore.edu/courses/SOC002a/Nature_EvoComplex.pdf lähdettä] apuna käyttäen. &ndash; Esitysteknisenä ratkaisuna on lähdeartikkelin ingressin taulukkoanalyysi ja sen jälkeinen täydentävä kommentointi.

===== Tutkimusartikkelin tiivistelmä =====

{| {{prettytable}}
|-
!{{hl2}} | Teksti
!{{hl2}} | Kommentti
!{{hl2}} | 
!{{hl2}} | 
!{{hl2}} | 

|-
|A long-standing challenge to evolutionary theory has been whether it can explain the origin of complex organismal features.
|Varsin rehellisesti myönnetään ongelman jatkuva olemassaolo.
|
|
|

|-
|We examined this issue using digital organisms—computer programs that self-replicate, mutate, compete and evolve.
|Selvitetään tiivistetysti, mitä asialle on nyt tehty.
|
|
|

|-
|Populations of digital organisms often evolved the ability to perform complex logic functions requiring the coordinated execution of many genomic instructions. Complex functions evolved by building on simpler functions that had evolved earlier, provided that these were also selectively favoured. However, no particular intermediate stage was essential for evolving complex functions. The first genotypes able to perform complex functions differed from their non-performing parents by only one or two mutations, but differed from the ancestor by many mutations that were also crucial to the new functions. In some cases, mutations that were deleterious when they appeared served as stepping-stones in the evolution of complex features. These findings show how complex functions can originate by random mutation and natural selection.
|Referoidaan keskeiset havaintotulokset. Sinänsä asiallinen esitys, joskin viimeinen virke jättää ehkä tarkoituksellisesti epäselväksi, puhutaanko vain simuloimalla tutkittujen systeemien funktioista vai edellytetäänkö tulosten jotenkin automaattisesti yleistyvän biologian puolelle.
|
|
|

|-
|
|
|
|
|

|-
|
|
|
|
|

|-
|
|
|
|
|

|-
|
|
|
|
|

|-
|
|
|
|
|

|-
|
|
|
|
|

|-
|
|
|
|
|

|-
|
|
|
|
|

|}


===== Raportoitujen tulosten referointia =====

Mitä nämä tutkijat sitten oman selontekonsa mukaan tarkkaan ottaen havaitsivat? He onnistuivat laatimaan tietokoneohjelman<ref>"Simulaatio" on tässä yhteydessä varsin harhaanjohtava luonnehdinta, sillä kyseinen sinänsä näppärä viritelmä ei ole millään ilmeisellä tavalla analoginen biologisen elämän kanssa. Se toimii kyllä darvinististyyppisen evoluutiomekanismin kokeiluympäristönä muttei anna syytä olettaa, että tällainen mekanismi sopisi nimenomaan biosfäärin monimuotoisuuden selitykseksi.</ref>, joka pyöritti 3.600:n "organismiksi" kutsutun, rinnakkain ajettavan erillisen ohjelman (hilaksi organisoitua) tarhaa, jossa 100.000 päivityskierroksen aikana saattoi kehittyä<ref>Selonteon mukaan tämä onnistui 50 yrittämällä 23 kertaa eli 46 %:ssa ajokerroista.</ref> sellainen ohjelma, joka laski kahden bittijonon bittikohtaisen ekvivalenssifunktion<ref>Toisin sanoen ohjelma tulosti bittijonon, jossa oli 0-bitti niillä kohdilla, joilla syötejonojen bitit olivat erilaiset, ja 1-bitti niillä kohdilla, joilla syötejonojen bitit olivat samanlaiset; tätä sitten hehkutettiin "monimutkaisen funktion syntynä".</ref>. Lisäksi näihin "hilaohjelmiin" kehittyi yksinkertaisemmin toteutettavissa olevia loogisia bittijonofunktioita. Jo alun perin käytettävissä oli operaatiot, joilla nämä funktiot saattoi toteuttaa, kyse oli vain siitä, että satunnaismutaatio-valintaetumenetelmä onnistui löytämään sellaisia operaatiokombinaatioita, jotka todella toteuttivat ne. Tällä "tekoelämällä" ei ollut muuta toiminnallisuutta kuin että se suoritti esimääritellyistä operaatioista muodostuvaa koodia. Kaikki "organismit" pysyivät suoritteistaan riippumatta "hengissä" eli toiminnassa siihen asti, kun joutuivat mahdollisesti päällekirjoitetuksi naapuriin sijoitetun "organismin" suorittaessa koodinpätkän, joka aiheutti suorittajaohjelmansa (mahdollisesti mutatoivan) kopioimisen huono-onnisen naapurinsa paikalle. "Organismeja" rangaistiin koodinsa lyhyydestä ja vastaavasti palkittiin koodinsa pituudesta<ref>niin, että kunkin ohjelman koko koodin läpiajaminen kesti pituudestaan riippumatta lähtökohtaisesti (siis ennen mahdollisesti suorittamistaan loogisista operaatioista annettujen palkintojen huomioonottamista) yhtä monta päivityskierrosta</ref> &ndash; ja '''varsinkin''' loogisten bittijonofunktioiden suorittamisesta.

"Myötäkarvaan tulkittuna" tämän kokeellisen tuloksen voi siis sanoa osoittaneen sen &ndash; järjelle jo etukäteenkin ilmeisen &ndash; tosiseikan, että darvinistinen mekanismi on periaatteessa toimiva eli sillä tavalla voi tapahtua<ref>sopivassa älyllisen suunnitelman mukaan valmistetussa ympäristössä kuten tietokoneessa</ref> tietynlaista kehitystä<ref>Olennaiset palkinnot ja rangaistukset tässä tulivat kylläkin ajettavien ohjelmien ulkopuolisen ''älyllisen tahon nimenomaisesti ennaltamäärääminä'', joten mistään ''luonnonvalinnasta'' ei todellakaan voi puhua.</ref>. Koska kuitenkin oli jo alun perin selvää, että ainoastaan darvinismin toimivuutta osoittavaksi tulkittavissa oleva tulos voitaisiin julkaista<ref>Vai kuvitelleeko joku kenties tosissaan, että ''Nature'' olisi julkaissut jonkin sentapaisen artikkelin, joka olisi voitu otsikoida: ''"Darwin in doubt &ndash; computer simulation failes to evolve complex features"''?</ref>, systeemiä on mitä ilmeisimmin täytynyt viritellä niin "turboksi", että halutut tulokset lopultakin putkahtivat siitä esiin.<ref>Tämä on pääteltävissä siitäkin, että haluttu tulos siis syntyi näilläkin virityksillä vain alle puolessa koeajoista &ndash; virittelyjen osittainenkin purkaminen olisi mitä ilmeisimmin johtanut tuloksen romahtamiseen.</ref> Olennainen informaatio ei tässä siis olekaan se, ''syntyikö'' haluttuja tuloksia vaan ''millä hinnalla niitä saatiin syntymään''.

===== Kvantitatiivisia huomioita =====

Lähdeartikkelista ilmenee, että "halutunlaisen evoluution" mahdollistamiseksi "organismeja" jouduttiin hyvittelemään ''sangen'' ruhtinaallisesti: niiden suhteellista ajonopeutta moninkertaistettiin moninkertaistamistaan näiden suoritteiden johdosta &ndash; koodi, joka pystyi kaikkiin palkittuihin loogisiin operaatioihin, sai prosessoriaikaa 2<sup>25</sup>- eli peräti 33.554.432-kertaisesti "täysin kehittymättömään" koodiin verrattuna. &ndash; "Melko reilua", eikö totta? Tämähän itse asiassa vastaa sitä, että jos "alkukoodi" olisi ryöminyt ''millimetrin puolessa minuutissa'', niin "loppukoodi" porhaltaisi vastaavasti ''yli kilometrin sekunnissa''.<ref>Toinen tapa nopeuseron havainnollistamiseen on todeta, että siinä ajassa, kun "alkukoodi" etenisi metrin, loppukoodi olisi ehtinyt taittaa yli 80 % matkasta maapallon ympäri!</ref>

Senkin voi vielä todeta, että '''Avida-projekti on vaatinut huomattavan määrän älyllistä suunnittelua'''. Projektin läpiviemiseen on tarvittu mm.
# 26 erilaisen, älyllisen suunnittelijan edeltä käsin tarkoituksiinsa sopivaksi määrittelemän ''hilaohjelmaoperaation valikoima''  ja
# älyllisen suunnittelijan näitä operaatioita käyttäen valmiiksi ohjelmoima ''kopioitumiskoodi''  sekä
# 3.600 "organismille" riittävä ''"alustahila"'' eli virtuaaliympäristö, joka mahdollistaa "organismien" naapuruussuhteiden huomioonottamisen koeajoissa.

Edelleen
# kukin hilaohjelma eli "organismi" on Avida-projektia varten erikseen määritellyistä operaatioista rakentuvia ''ohjelmia ajamaan älyllisesti suunniteltu'', ja siksi sen varustukseen kuuluu
## kolme sisäistä ''bittijonorekisteriä'',
## kaksi sisäistä ''bittijonopinoa'' ynnä
## ''bittijonojen syöttö- ja tulostustoiminnallisuus''.
# Lisäksi kunkin koeajon lähtötilanteessa kuhunkin "organismiin" on asennettu varta vasten tarkoituksella rakennettu ''aloitusohjelma'', joka sisältää 
## mainitunlaisen ''kopioitumiskoodin'' ja sen lisäksi
## varta vasten ''mutatoitumisvaraksi'' jätettyä "tyhjää koodia".

Kukin Avida-koeajo
# ensinnäkin alkaa älyllisen suunnittelijan ''varta vasten käynnistämänä'',
# sitten pohjustaa simuloidun evoluution ''rakentamalla ja täyttämällä alustahilan'' "kloonatuilla organismeilla" eli 3.600:lla keskenään samanlaisella, periaatteessa rinnakkain<ref>käytännössä oletettavasti vuorotellen, mutta käytetty ratkaisu ei tässä liene kovin olennainen</ref> ajettavalla hilaohjelmalla älyllisen suunnitelman mukaan,
# aloittaa sitten varsinaiset, älyllisesti ''ohjelmoidut päivityskierrokset'' ja jatkaa niitä,
# kunnes lopulta päättyy ''ennaltamäärätysti'' niin ikään älyllisen suunnittelijan säätämän päivityskierrosmäärän täytyttyä.

===== Loppupäätelmiä =====

Avida-järjestelmän synnyn tai käytön ei näin ollen missään tapauksessa voi sanoa antavan ainakaan mitään sensuuntaista viitettä, että biologinen elämä<ref>tai mikään itsekopioituva systeemi</ref> olisi voinut ''alun perin syntyä tarkoituksettomasti itsestään'': ilman älyllisten suunnittelijoiden tarkoitushakuista toimintaa ei Avidaa olisi olemassakaan, eikä Avida-ajon aikana tapahdu mitään, mikä ei sisältyisi älyllisesti laaditun ohjelmakoodin toimintaan.

Kaikki edellä todettu huomioonottaen ei liene kohtuutonta verrata saadulle tulokselle annettua "biologisen evoluution todisteen" asemaa siihen, jos jossain erittäin tarkassa mittauksessa havaittua neutronien välistä painovoimaa haluttaisiin käyttää sellaisen teorian pönkittämiseen, että pelkkä painovoima riittäisi pitämään atomiytimet koossa: kummassakin tapauksessa saadut tulokset ovat kyllä tietyssä mielessä laadullisesti toivotun suuntaisia, mutta määrällisesti ''täysin'' riittämättömiä.<ref>Avida sinänsä on kyllä aivan kiinnostava systeemi, ei siinä mitään: darvinististyyppisten mekanismien tehon simulaatiokokeellinen mittaaminen on ylipäänsäkin kaikin puolin kannatettava tutkimussuunta, jolle toivottavasti saadaan vielä jatkoa.</ref>

Siispä on todettava, että Behen IC-argumentin runttausyritys Avida-artikkeliin viittaamalla kääntyy loppujen lopuksi itseään vastaan, ja sellaisen yrittäminen onkin ymmärrettävää ainoastaan darvinistien käännetyn todistustaakan mentaliteetin synkkää taustaa vasten: koska darvinismi "on totta", niin kaikki sen puolesta puhuviksi tulkittavissa olevat seikat ovat "vakuuttavia tieteellisiä todisteita" ja kaikki sitä vastaan puhuvat "pelkkää tieteenvastaista propagandaa". Tällähän tavalla se tiede vasta itseään korjaakin &ndash; jokseenkin yhtä hyvällä hyötysuhteella kuin millä darvinistinen mekanismi osoittautui Avidassa toimivan!

==== "Proteiiniretroevoluutio" (Bridgham&ndash;Carroll&ndash;Thornton: ''Science'', 2006) ====

Yleishuomiona voi todeta, että ''Arcanum'' on joka tapauksessa osannut rakentaa blogiartikkelinsa siinä mielessä järkevästi, että oletettavasti painavimmat argumentit (aiheen kannalta relevanteimmiksi arvioidut tutkimusartikkeliviitteet) on sijoitettu sen loppuun. Näin siis voi olettaa, että
# periaatteessa suunnitteluteorian hyväksymiseen taipuvaiset mutta luonteeltaan helposti pelästyvät lukijat ovat jo kauhusta kankeina kauan ennen kuin varsinaisiin argumentteihin päästään käsiksikään<ref>ja juuri pelko on naturalistisen tiede-eliitin ja sen myötäjuoksijoiden keskeisin ase ''status quo''n ja oman valta-aseman pönkitykseksi</ref> ja etsiytyvät siksi mielellään muihin töihin uskaltamatta tutustua jäljellä oleviin oletettavasti karmaiseviin yksityiskohtiin;
# kärsimättömin osa lukijakunnasta lukaisee alun, selaa keskikohdan, vilkaisee lopun ja poistuu siinä käsityksessä, että "tiede on tosiaan todistanut suunnitteluteorian vääräksi", kun kerran lopusta löytyi viitteet sellaisiin tieteisuskovien auktoriteettilähteisiin kuin ''Nature'' ja ''Science''<ref>ja kun blogiartsu oli rohjettu laatia niin estottoman härskisti</ref> &ndash; miksipä siis enää hukkaamaan aikaa jo kumottuun hypoteesiin liittyvien yksityiskohtien kahlailuun;
# mahdollisesti riittävästi motivoitunut osa lukijakuntaa säilyttää mielenkiintonsa tekstin loppuun asti: vaikka kaikki edelläsanottu olisikin paljastunut heppoiseksi, yksikin vakuuttava empiirinen näyttö evoluutioprosessien uuttaluovista kyvyistä voisi periaatteessa riittää suunnitteluteorian hylkäämiseen ylimääräisenä ja tarpeettomana oletuksena &ndash; ne, jotka jaksoivat viimeistä edelliseen kohtaan asti, eivät siis voi vielä olla varmoja, etteikö blogistilla kenties voinut olla yksi painavakin argumentti arsenaalissaan.

===== Välihuomio professori Behen IC-argumentaation tieteenhistoriallisesta merkityksestä =====

Vaikkei professori Behen nimeä näissä kahdessa viimeisimmässä viiteartikkelitiivistelmässä suoraan mainitakaan, sekä niistä että niiden esiin ottamisesta juuri prof. Beheä vastaan suunnatussa nettikiistakirjoituksessa voi päätellä prof. Behen argumentaation tehneen vaikutuksen tutkimusyhteisöön, niin että ''Darwin's Black Box'' -teoksen ilmestymisen jälkeen siis sekä ''Nature'' että ''Science'' ovat julkaisseet artikkeleita,
# jotka jokseenkin suoraan myöntävät kyseisen haasteen todellisuuden  ja
# joiden tarkoituksena on nimenomaan valaa lukijoihin uskoa siihen, että evolutionismi pystyy vielä kääntämään tämänkin haasteellisen tilanteen voitokseen<ref>tai on suorastaan jo toteuttanutkin kyseisen tavoitteensa</ref>.

Jo tälläkin perusteella voi sanoa, että prof. Behe on vienyt tiedettä eteenpäin. Ongelman esiin ottaja on totta kai olennainen tekijä sen intensiivisen tutkimuksen katalysoijana, saipa hänen oma näkemyksensä tästä tutkimuksesta sitten loppujen lopuksi kumoamuksen, vahvistuksen tai tulkinnanvaraiseksi jäävän palautteen.

Sitä silmiinpistävämpää ja oireellisempaa sitten onkin ''Arcanum''in (ja monen muun) myrkyllisen vihamielinen suhtautumistapa prof. Beheen, tiedeyhteisön hyödylliseen jäseneen.

===== Professori Behen näkemys Bridgham&ndash;Carroll&ndash;Thornton&ndash;2006:sta =====

Ottaen huomioon keskusteluasetelman lienee vallan kohtuullista antaa puheenvuoro prof. Behelle [http://www.discovery.org/a/3408 itselleen]:

''“This continues the venerable Darwinian tradition of making grandiose claims based on piddling results,” said biochemist Michael Behe, who developed the theory of irreducible complexity in his best-selling book Darwin’s Black Box. “There is nothing in the paper that an ID proponent would think was beyond random mutation and natural selection. In other words, it is a straw man.”''

Prof. Behe siis kiistää, että kyseisessä tutkimuksessa olisi osoitettu ohjaamattomien, tarkoituksettomien prosessien tuottavan IC-ominaisuuksia (tai että sellaisia olisi siinä muutoinkaan syntynyt). &ndash; Viitatulla sivulla on linkkejä muihinkin tässä yhteydessä ilmeisesti relevanteiksi katsottuihin teksteihin.

Mielenkiintoista on sekin, että Bridgham&ndash;Carroll&ndash;Thornton&ndash;2006 on saanut sittemmin jatkoakin. Aiheesta kiinnostuneiden kannattaa tutustua Behen kommentteihin: [http://behe.uncommondescent.com/2009/10/response-to-carl-zimmer-and-joseph-thornton-part-1/], [http://behe.uncommondescent.com/2009/10/response-to-carl-zimmer-and-joseph-thornton-part-2/], [http://behe.uncommondescent.com/2009/10/response-to-carl-zimmer-and-joseph-thornton-part-3/] ja [http://behe.uncommondescent.com/2009/10/response-to-carl-zimmer-and-joseph-thornton-part-4/]. Näistä varsin lyhyistä teksteistä löytyy myös prof. Behen lisäkommentointia tässä puheena olevasta Bridgham&ndash;Carroll&ndash;Thornton&ndash;2006:sta.