Muokataan sivua Polveutumisoppi

{{Viestipohja | tyyppi=huomio | sisältö = tämän artikkelin työstäminen kriittiseen muotoon on vielä kesken}}
{|style="background:white; font-size:100%; border:0px solid gray;color:black" border="0" height="0" align="right" valign="top" cellpadding=1px cellspacing=0px
|+style="background:white; ; font-size:100%; color:black"|'''''Elämän sukupuu'''''
|- align="left" valign="top"
|  [[Tiedosto:Uprooted_tree_of_life.jpg|thumb|250px|Eliöiden sukulaisuhdetta verrataan yleensä puuhun, jossa uudet lajit kehittyessään erkanevat päähaaroista. Kun eliöryhmien sukulaissuhteita vertailaan useampien geenien pohjalta, erojen esittäminen puu -mallilla osoittautuu kuitenkin hankalaksi ja on turvauduttava verkkomaiseen esitykseen. (Kuva: Doolittle 2000)]]
|}

'''Polveutumisopin''' mukaan kaikki eliöt ovat polveutuneet yhteisestä kantamuodostaan ohjatusti tai ohjaamattomasti. Käytännössä polveutumisoppi tarkoittaa sitä, että kaikki elävä on keskenään sukua. Polveutumisoppi sekoitetaan usein [[evoluutioteoria]]an, koska se on välttämätön osa evoluutioteoriaa. Polveutumisoppi ei kuitenkaan itsessään ota kantaa mekanismiin, jolla eliöt ovat muuttuneet nykyiseksi monimuotoisuudekseen yhteisestä kantamuodosta, kun taas evoluutioteorian mukaan mekanismina toimivat tunnetut [[muuntelumekanismit]].  

== Polveutumisopin todisteet ==
[[Tiedosto:HS20080722-elioidenKolmePaaryhmaa.png|thumb|left|250px|Populaarissa mediassa elämän sukupuu esitetään yleensä vahvasti yksinkertaistettuna (Kuva: HS 2008). Kuvassa esitetty eliöiden jaottelun ja sukulaissuhteiden yksiselitteisyys selittyy sillä, että vertailu on tehty vain yhden geenin perusteella. Asiaan perehtymätön lukija saa tällöin kuitenkin harhaanjohtavan käsityksen "elämän sukupuun" selkeydestä (vrt. kuva alussa, joka on vuodelta 2000).]] 

=== Homologiat ===
Vertailemalla eliöiden [[wp:anatomia|anatomiaa]], havaitaan niiden rakenteissa yhtäläisyyksiä. Esimerkiksi hyönteisten ruumiissa on aina pää, takaosa ja keskiruumis, niillä on kolme jalkaparia ja yleensä kaksi paria siipiä. Samoin ovat myös nisäkkäiden, kuten esimerkiksi ihmisen käsivarsi, kissan tai hevosen etujalka, lepakon siipi ja hylkeen evä saman peruskaavan mukaisia, ja niiden luut voidaan tunnistaa samoiksi lähes luu luulta. Polveutumisoppia puolustetaan väittämällä, että ominaisuuksien täytyy johtua siitä että ne ovat periytyneet yhteisistä kantamuodoista, sillä yhtäläisyydet ovat aivan liian suuria ollakseen sattumanvaraisia. Kyseinen tosiasia ei kuitenkaan tue ainoastaan polveutumisoppia; myös yhteinen suunnittelija on järkevä selitys samankaltaista tehtävää toimittaville samankaltaisille rakenteille. Homologioita voidaan siis käyttää argumenttina sekä polveutumisen että yhteisen suunnittelijan puolesta.

==== Sikiönkehityksen samankaltaisuudet ====
{{Pääartikkeli|[[Rekapitulaatioteoria]]}}
Yksilönkehityksen eri vaiheissa eliöissä on myös yhtäläisyyksiä, mutta nämä eivät ole olennaisesti suurempia kuin mitä valmiiden rakenteiden perusteella voisi olettaa. Esimerkiksi kaikilla selkärankaisilla varhaisessa vaiheessa kehittyvä keskushermosto on muodoltaan suunnilleen samanlainen, ja sen takia ne kaikki näyttävät hieman toisiltaan muistuttaen jossain määrin [[wp:cashewpähkinä|cashewpähkinää.]] 

Samankaltaisuus voisi selittyä sillä, että eri selkärankaisryhmät ovat perineet yhteisiltä esivanhemmiltaan kehitystapansa, joka niissä edelleen toistuu. Toisaalta samankaltaisuudet voivat myös kertoa yhteisestä suunnittelijasta ja yhteisistää toiminnallisista vaatimuksista. [[Rekapitulaatioteoria|Sikiöiden suurennellut samankaltaisuudet]] evoluutioteorian todistamiseksi on yksi tieteen suurimpia myönnettyjä huijauksia.

==== Homologiat ja konvergenssit ====
{{Pääartikkeli|[[Konvergenssi]]}}
Homologia-argumentin todistamiseksi osoitetaan yleensä, että samanlaiset rakenteet toistuvat sukupuussa loogisella säännönmukaisuudella. On kuitenkin myös paljon samankaltaisuuksia, jotka eivät sovi sukupuuhun, vaan niiden kohdalla puhutaan analogisista rakenteista, jotka ovat evoluutioteorian mukaan syntyneet niin sanotusti konvergenttisella evoluutiollatoisistaan riippumatta. Näissä tapauksissa samankaltaisuus ei siis johdukaan rakentee polveutumishistoriasta, vaan se täytyy selittää rakenteen samanlaisella toiminnalla, jolloin se olisi kehittynyt luonnonvalinnan avulla sopeutumalla samanlaiseen [[wp:ekologinen lokero|ekologiseen lokeroon]]. Konvergenttisen evoluution mahdollisuus tekee myös polveutumisoppiin pohjautuvan taksonomian erittäin haastavaksi, kun ei voi olla varma siitä, onko yhteinen piirre merkki sukulaissuhteesta, vai onko kyseessä konvergenssi. Joissain tapauksissa konvergenssit ovat niin samanlaisia etteivät biologit osaa päätellä onko kyseessä homologia vai konvergenssi, ennen kuin tarkastellaan eliöiden muita tuntomerkkejä. Tapauskohtaisesti täytyy kuitenkin "tietää" lajien välinen evolutiivinen yhteys ennen kuin voi tietää onko kyseessä homologia vai konvergenssi. Konvergenttisen evoluution mahdollisuus syö siksi pohjan toimivien rakenteiden homologia-argumentilta.

[[wp:Etologia|Etologia]] on biologian tieteenhaara, joka tutkii eläinten käyttäytymistä. Se paljastaa yhtäläisyyksiä eri muotojen, kuten [[wp:aitososiaalisuus|sosiaalisten hyönteisten]], muurahaisten, ampiaisten ja mehiläisten pesänrakennustavoissa. 
Kuitenkaan toimivat samankaltaisuudet, vielä vähemmän käyttäytymiseen liittyvät, eivät todista yhteistä polveutumista, sillä eiväthän esimerkiksi kaikki kahvia lautaselta ryystävät ihmisetkään ole läheistä sukua toisilleen.

==== Epätäydelliset homologiset rakenteet ====
{{Pääartikkeli|[[Epätäydellinen suunnittelu]]}}

[[AW:S#surkastuma|Surkastuneiksi elimiksi]] sanotaan elimiä, jotka ovat menettäneet polveutumishistoriansa aikana alkuperäisen toimintonsa, ja joilla ei ole muuta toimintoa, tai jonka toiminto on rakenteeseen nähden liian vähäinen. Surkastuneet elimet ovat rappeutuneet koska ne ovat tarpeettomia ja jopa haitallisia. Surkastuneita elimiä ovat esimerkiksi sokeiden luolakalojen silmät ja tuulisten saarten hyönteisten siivet. Polveutumiopin todisteena esitettyjä surkastumia ovat esimerkiksi valaiden vatsaluut, jotka muistuttavat maanisäkkäiden ja matelijoiden lantiota ja jalkojen luita. Samoin myös ihmisen ja simpanssien häntäluu, sillä ihmisen ja simpanssin esi-isän voidaan olettaa joskus olleen hännällinen, mutta kadottaneen hännän tarpeettomana. Muita esimerkiksi ovat käärmeissä tavattavat jäänteet takajalan luista ja [[wp:hetulavalaat|hetulavalaiden]] kidassa olevat hampaiden jäänteet. 

Esimerkiksi ihmisen häntäluu on elintärkeä lantiolihasten kiinnityskohta. Sanonta "surkastunut elin" usein vain peittää tietämättömyytemme elimen tarkoituksesta. Ihmisen umpilisäkkeen, jonka aikaisemmin ajateltiin olevan tarpeeton surkastunut jäänne, tiedetään nyt olevan immuunijärjestelmän toimiva komponentti.<!--lähteitä!-->

====Molekyylibiologiset homologiat====
[[Tiedosto:Cytochrome_c-001.jpg|thumb|240px|Sytokromi c:n kaltaisia proteiineja voidaan käyttää proteiinisukupuiden laatimiseen. Tällaisten sukupuiden rakentaminen käy kuitenkin sitä vaikeammaksi ja ristiriitaiseksi mitä enemmän eliöitä ja proteiineja vertaillaan.]]
[[wp:molekyylibiologia|Molekyylibiologia]] on biologian osa-alue, jonka avulla pyritään esimerkiksi päättelemään eri eliöiden sukulaissuhteita sekä kehityshistoriaa vertailemalla [[AW:S#homologinen|homologisia]] geenejä tai homologisia molekyylejä eliöiden välillä. Elollisten olentojen samankaltaisuudet ulottuvat molekyylitasolle asti. Kaikki eliöt käyttävät aineenvaihdunnassaan samoja kemiallisia perusrakenteita. Tämä mahdollistaa esim. proteinien- ja DNA/RNA sekvenssien analysoimisen, joiden pohjalta voidaan laatia molekyylisukupuita. On kuitenkin huomattu, että mitä enemmän eri proteiini- ja geenisekvenssejä on analysoitu, sitä vaikeammaksi ristiriidattomien molekyylisukupuiden rakentaminen käy. Eri molekyylejä vertailemalla päädytään erilaisiin päätelmiin. Lisäksi vertailtavien molekyylien erojen kasvaessa tulkinnanvaraisuus kasvaa nopeasti.<ref name= "EvoKriitAna" />{{,}}<ref>Casey Luskin:
[http://www.discovery.org/a/10651 A Primer on the Tree of Life] May 12, 2009 Evolution News & Views. Viitattu 4.11.2009</ref>

Kun molekyylibiologisia homologioita käytetään todistamaan polveutumisoppia, vedotaan useimmiten niin sanottuihin pseudogeeneihin, eli varsinaisten geenien kopioihin, joilla ei tunnu olevan mitään toiminnallista vaikutusta. Esimerkiksi [[suunnitteluteoria|suunnitteluteoreetikko]] [[Michael Behe]] esittää molekyylihomologiat polveutumiopin todisteena kirjassaan [[The Edge of Evolution (kirja)|The Edge of Evolution]]:

{{Sitaatti3||Kun kaksi sukulinjaa jakavat yhteisen, ilmeisen sattumanvaraisen geneettisen virheen, näyttö näiden sukujen yhteisen polveutumisen puolesta on vakuuttavaa, aivan kuten plgiarismin puolesta esitetty näyttö alkaa olla ylivoimaista kun huomataan yhden kirjoittajan tehneen samat epätavalliset kirjoitusvirheet kuin toinen, käyttäen tismalleen samoja sanoja. Tällaisia todisteita on nähtävissä ihmisten ja simpanssien genomeissa. Esimerkiksi sekä ihmisillä että simpansseilla on rikkinäinen kopio sellaisesta geenistä, joka osallistuu muolla nisäkkäillä C-vitamiinin tuotantoon. Tämän takia ihmiset ja simpanssit eivät kykene itse tuottamaan C-vitamiinia. Jos tämä mutaatio jäi näiden kahden lajin esi-isän genomiin pysyvästi, ja sen jälkeen siirtyi edelleen molemmille jälkeläislajeille, tämä selittäisi tilanteen näppärästi.<br>
Lisää vakuuttavia todisteita ihmisten ja muiden kädellisten yhteisestä esi-isästä tarjoaa näiden hemoglobiini &ndash; eivät ainoastaan toimivat hemoglobiinit, vaan myöskin rikkoontuneet hemoglobiinigeenit.<ref>Chang, L. Y., & Slightom, J. L. 1984. [http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6WK7-4DM21PF-7H&_user=10&_coverDate=12%2F25%2F1984&_rdoc=1&_fmt=high&_orig=search&_sort=d&_docanchor=&view=c&_acct=C000050221&_version=1&_urlVersion=0&_userid=10&md5=5add4c09bdbb9cebeff66032cbdd9b7f Isolation and nucleotide sequence analysis of the beta-type globin pseudogene from human, gorilla and chimpanzee], J. Mol. Biol. 180:767-84.</ref> Eräässä ihmisen genomin osassa on viisi eri geeniä eri proteiineille, jotka toimivat eri kehitysvaiheissa (alkiosta aikuisuuteen) hemoglobiinin toisena (beta-tyyppisenä) ketjuna. Tähän lukeutuvat varsinaisen beta-ketjun tuottava geeni, kaksi lähes identtistä kopiota gamma-ketjusta (joka ilmenee sikiövaiheen hemoglobiinissa), ja myös joitakin muita. Simpansseilla nuo juuri samat geenit ovat juuri samassa järjestyksessä. Kahden gamma-geenin ja erään synnytyksen jälkeen toimivan geenin välisellä alueella ihmisen DNA:ssa on rikkinäinen geeni (niin kutsuttu "pseudogeeni") joka muistuttaa läheisesti toimivaa beta-ketjun geeniä, mutta jonka emäsjärjestyksessä on piirteitä, jotka estävät onnistuneen proteiinikoodauksen.<br>
Simpanssilla on DNA:ssaan hyvin samankaltainen pseudogeeni samassa paikassa. Ihmisen pseudogeenin alussa on kaksi erityistä muutosta kahdessa nukleotidikirjaimessa, jotka vaikuttavat kytkevän geenin pois päältä. Simpanssin geenissä on juuri nuo samat muutokset. Kun luetaan vähän eteenpäin, ihmisen pseudogeenissä on deleetio-mutaatio, jossa yksi tietty kirjain puuttuu. Teknisistä syistä deleetio sotkee geenin koodauksen peruuttamattomasti. Juuri tuo sama kirjain puuttuu simpanssin geenistä. Ihmisen pseudogeenin loppupuolelta puuttuu toinenkin kirjain. Se puuttuu myös simpanssin pseudogeenistä.<br>
Samat virheet, samassa geenissä ja samalla paikalla molempien, sekä ihmisen että simpanssin, DNA:ssa. Jos kyseiset mutaatiovirheet säilyivät yhteisellä esi-isällä, jonka jälkeläisistä sittemmin syntyivät nämä kaksi modernia lajia, tämä selittäisi hyvin sujuvasti niiden löytymisen molemmilta lajilta. On vaikea kuvitella, miten voisi olla vahvempia todisteita simpanssien ja ihmisten yhteisestä esi-isästä.<br>
Tuo pseudogeenien tarjoama vahva todistusaineisto osoittaa paljon laajemmalle kuin vain ihmisen syntyperään. Jäljellä olevista pulmista<ref>Bapteste, E., Susko, E., Leigh, J., MacLeod, D., Charlebois, R. L., & Doolittle, W. F. 2005. [http://www.biomedcentral.com/1471-2148/5/33 Do orthologous gene phylogenies really support tree-thinking?] BMC Evol. Biol. 5:33</ref> huolimatta ei ole syytä epäillä, että Darwin oli tältä kannalta oikeassa; kaikki eliöt maan päällä ovat biologisesti sukua toisilleen. |Michael J. Behe, The Edge of Evolution<ref>
:"When two lineages share what appears to be an arbitrary genetic accident, the case for common descent becomes compelling, just as the case for plagiarism becomes overpowering when one writer makes the same unusual misspellings of another, within a copy of the same words. That sort of evidence is seen in the genomes of humans and chimpanzees. For example, both humans and chimps have a broken copy of a gene that in other mammals helps make vitamin C. As a result, neither humans nor chimps can make their own vitamin C. If an ancestor of the two species originally sustained the mutation and then passed it to both descendant species, that would neatly explain the situation.
:More compelling evidence for the shared ancestry of humans and other primates comes from their hemoglobin – not just their working hemoglobin, but a broken hemoglobin gene, too.10 In one region of our genomes humans have five genes for proteins that act at various stages of development (from embryo through adult) as the second (betalike) chain of hemoglobin. This includes the gene for the beta chain itself, two almost identical copies of a gamma chain (which occurs in fetal hemoglobin), and several others. Chimpanzees have the very same genes in the very same order. In the region between the two gamma genes and a gene that works after birth, human DNA contains a broken gene (called a "pseudogene") that closely resembles a working gene for a beta chain, but has features in its sequence that preclude it from coding successfully for a protein.
:Chimp DNA has a very similar pseudogene at the same position. The beginning of the human pseudogene has two particular changes in two nucleotide letters that seem to deactivate the gene. The chimp pseudogene has the exact same changes. A bit further down in the human pseudogene is a deletion mutation, where one particular letter is missing. For technical reasons, the deletion irrevocably messes up the gene's coding. The very same letter is missing in the chimp gene. Toward the end of the human pseudogene another letter is missing. The chimp pseudogene is missing it, too.
:The same mistakes in the same gene in the same positions of both human and chimp DNA. If a common ancestor first sustained the mutational mistakes and subsequently gave rise to those two modern species, that would very readily account for why both species have them now. It's hard to emagine how there could be stronger evidence for common ancestry of chimps and humans.
:That strong evidence from the pseudogene points well beyond the ancestry of humans. Despite some remaining puzzles,11 there's no reason to doubt that Darwin had this point right, that all creatures on earth are biological relatives." 

{{Kirjaviite | Tekijä = Michael J. Behe | Nimeke = The Edge of Evolution | Julkaisija = Free Press | Vuosi = 2007 | Kappale = | Sivu = 70-72 | Selite = | Tunniste = 0-7432-9620-6 }}</ref>}}

{{Sitaatti|
Molekyylikellomenetelmä ei ole ongelmaton: kellojen kalibrointi voi olla vaikeaa ja kellojen "tikitysnopeus" riippuu mm. siitä, kohdistuuko tiettyyn geenisekvenssiin ns. selektiivinen paine. Parhaat molekyylikellot ovat ns. [[tilke-DNA]]-alueet, jotka eivät koodaa mitään proteiinia eivätkä siis tule ilmentyneeksi [[wp:fenotyyppi|fenotyypissä]]. DNA-alueet, jotka koodaavat toimivaa proteiinia (eli ''geenit''), muuttuvat yleensä paljon hitaammin, koska mutaatiot toimivassa geenissä ovat suurilta osin vahingollisia ja siksi luonnonvalinta hoitaa ne pois populaatiosta.}}<!--lähde?-->

{{Sitaatti|
Toinen menetelmä näiden sukulaissuhteiden selville saamiseksi geneettisistä sekvensseistä perustuu ns. ''plagioituihin virheisiin''. Tilke-DNA alueissa on monien toimivien geenien kopioita, jotka ovat vahingoittuneet siten, että ne eivät enää toimi. Tällaisista lajeille yhteisistä virheistä voidaan päätellä, että virheet ovat olleet olemassa jo ennen lajien erkaantumista. Esimerkki tällaisesta tapauksesta on kädellisille yhteinen mutaatio, jonka takia ne eivät pysty valmistamaan C-vitamiinia toisin kuin lähes kaikki muut nisäkkäät. (Marsutkaan eivät pysty valmistamaan C-vitamiinia itse, mutta niillä mutaatio on erilainen.)}}<!--lähde?-->

Sittemmin on huomattu, että useat väitetyt "yhteiset virheet" johtuvat yleisesti usein tapahtuvista korreloiduista mutaatioista (nk. ''hotspot'') tai väitetyillä virheillä on hyödyllinen toiminto.<ref>{{Verkkoviite | Nimeke = Are pseudogenes ‘shared mistakes’ between primate genomes? | Osoite = http://creation.com/are-pseudogenes-shared-mistakes-between-primate-genomes | Viitattu = | Selite = | Tekijä = John Woodmorappe | Julkaisija = Creation Ministries | Ajankohta = December 2000 }}</ref>{{,}}<ref>{{Verkkoviite | Nimeke = Potentially decisive evidence against pseudogene ‘shared mistakes’ | Osoite = http://creation.com/potentially-decisive-evidence-against-pseudogene-shared-mistakes | Viitattu = 24.6.2009 | Selite =  | Tekijä = John Woodmorappe | Julkaisija = Creation Ministries | Ajankohta = December 2004 }} </ref>

{{Sitaatti|
Molekyylibiologian myötä huomattiin, että myös molekyylit kehittyvät samalla tavalla kuten somaattiset rakenteet. Mitä lähempänä kaksi lajia on toisiaan, sitä samankaltaisempia myös niiden molekyylit ovat. Monissa tapauksissa morfologisen aineiston epäselvyys on herättänyt epäilyksiä, mutta molekyylejä vertailemalla on saatu paljastettua lajien todellinen suhde. Molekyylibiologia on nykyisin yksi tärkein tietolähde tutkittaessa [[wp:fylogenia|fylogeneettisiä]] suhteita.}}
Tosiasiassa molekyylien avulla tehdyt sukupuut eroavat merkittävästi morfologian avulla tehdyistä.<ref>{{Verkkoviite | Nimeke = What about the Molecular Evidence? | Osoite = http://www.arn.org/idfaq/What%20about%20the%20molecular%20evidence.htm | Viitattu = 24.6.2009| Selite = | Tekijä = | Julkaisija = Access Research Network | Ajankohta = }} </ref>{{,}}<ref>{{Verkkoviite | Nimeke = Peter Atkins Dramatically Overstates the Evidence for Evolutionary Phylogenies | Osoite = http://www.evolutionnews.org/2008/02/peter_atkins_dramatically_over.html | Viitattu = 24.6.2009 | Selite = | Tekijä = Casey Luskin | Julkaisija = Evolution News & Views| Ajankohta = February 25, 2008 }}</ref>{{,}}<ref>{{Verkkoviite | Nimeke = Is the evolutionary tree turning into a creationist orchard?  | Osoite = http://creation.com/is-the-evolutionary-tree-changing-into-a-creationist-orchard | Viitattu = 24.6.2009 | Selite =  | Tekijä = Pierre Jerlström | Julkaisija = Creation Ministries | Ajankohta = August 2000 }}</ref>{{,}}<ref>{{Verkkoviite | Nimeke = Birds Terrorize Evolutionary Biologists | Osoite = http://www.reasons.org/birds-terrorize-evolutionary-biologists | Viitattu = 24.6.2009 | Selite = | Tekijä = Fazale ‘Fuz’ Rana | Julkaisija = Reasons to Believe | Ajankohta =  }}</ref>{{,}}<ref>{{Verkkoviite | Nimeke = The Unreliability of Hominid Phylogenetic Analysis Challenges The Human Evolutionary Paradigm | Osoite = http://www.reasons.org/unreliability-hominid-phylogenetic-analysis-challenges-human-evolutionary-paradigm  | Viitattu = 24.6.2009 | Selite = | Tekijä = Fazale ‘Fuz’ Rana| Julkaisija = | Ajankohta = }}</ref>

===Fossiiliset todisteet===
[[wp:paleontologia|Paleontologia]] tutkii fossiileja. Tiettynä ajanjaksona eläneiden eläinten ja kasvien jäännöksiä löytyy kivettyneinä hyvinkin vanhoiksi ajoitetuissa geologisissa kerrostumissa. Varhaisemman kerroksen tulisi polveutumisopin mukaan sisältää jatkuvalla tavalla aina seuraavasta kerroksesta löytyvien fossiilien yksinkertaisempia ja jopa "puolivalmiita" muotoja.

Esimerkiksi lintujen ja nisäkkäiden oletetaan kehittyneen matelijoista. Vuonna 1861 löydettiin ''Archaeopteryxin'' (höyhenpeitteinen lintulisko) fossiili, joka esitetään, varsinkin evoluutieoriaa popularisoitaessa, välimuotona lintujen kehityksessä. Kriittisen tarkastelun pohjalta voidaan kuitenkin todeta, ettei Archaeopteryxiä voida selkeästi nähdä välimuotona esim. dinosaurusten ja lintujen välillä, sillä Archaopteryxissa on mosaikkimaisesti piirteitä useasta eri eliöryhmästä, joten se on [[wp:mosaiikkimuoto|mosaiikkimuoto]]. Archaopteryxistä löytyy neljän eri matelijaryhmän ([[wp:kalaliskot|Kalaliskot]], [[wp:crocodilia|Crocodilia]], [[wp:saurischia|Saurischia]], [[wp:ornitischia|Ornithischia]]) tuntomerkkejä, minkä vuoksi sitä ei voida pitää modernien lintujen esi-isänä.<ref name = "EvoKriitAna">{{Kirjaviite | Tekijä = Siegfried Scherer, Reinhard Junker| Nimeke = [[Evoluutio – kriittinen analyysi (kirja)| Evoluutio – kriittinen analyysi]]| Julkaisija = Datakirjat | Vuosi = 2000 | Kappale = VI.13 | Sivu = 220,257 | Selite = | Tunniste = 951-98558-0-7}}</ref> 

Fossiileja jotka täyttävät tyhjän aukon kutsutaan puuttuviksi lenkeiksi. Täydellisimpinä [[wp:fossiililinja|fossiililinjoina]] pidetään kehityslinjaa nisäkäsliskoista nisäkkäiksi, valaiden evoluutiota ja hevosen heimon evoluutiota kantalajista (''Eohippus'') nykyiseen hevoseen (''Equus''). Ihmisen evoluutiosta on esitetty useita eri kehityssarjoja.<ref name = "EvoKriitAna" />

== Yksilön kehitys ja elinten alkuperä ==

Kun monisoluinen eliö kehittyy [[wp:munasolu|munasolusta]], alkaa ennen pitkää kehittyä erityyppisiä kudoksia ja muodostua elimiä. Prosessi on monivaiheinen ja peräkkäiset vaiheet ovat geenien ohjaamia.

Eri eläimillä voi olla hyvin samannäköisiä elimiä. Esimerkiksi [[wp:hyönteiset|hyönteisillä]] ja [[wp:linnut|linnuilla]] on siivet, [[wp:delfiini|delfiineillä]], [[wp:pingviini|pingviineillä]] ja [[wp:kala|kaloilla]] on evät, jne. Toisaalta eri eläinlajeilla voi olla hyvinkin erinäköiset elimet, kuten [[wp:Kalojen anatomia#evät|evät]], [[wp:siipi|siivet]] ja [[wp:käsi|kädet]], joilla voi erilaisuudesta huolimatta olla yhteinen alkuperä.

{{Sitaatti|Samannäköisyys ja sama toiminnallinen funktio eivät välttämättä merkitse samaa evolutiivista historiaa. Jos samanlaisilla ja samaa toimintaa suorittavilla eläimillä ei ole samaa kehityksellistä (embryologista) taustaa, kyse on '''analogisista''' elimistä. Hyönteisten ja lintujen siivet tai nisäkkäiden ja mustekalojen silmät ovat analogisia elimiä.}}

Kenties populaarein räikeästi yksinkertaistettu väite evoluutionteorian puolesta on, että lajin vanha kehityspolku näyttäytyy ainakin osittain jokaisen yksilön alkionkehityksessä (ks. artikkeli [[rekapitulaatioteoria]]).

Evoluutioteorian pohjalta otaksuttiin aikoinaan, että esim. eliön [[wp:fenotyyppi|fenotyypin]] homologiasta seuraa myös homologia yksilökehityksessä sekä geenitasolla. Kuitenkin samankaltaisten elinten taustalla on joissakin tapauksissa erilainen geneettinen koodi. Tilannetta voidaan verrata OpenOfficen ja Microsoft Officen ulkoiseen ja toiminnalliseen samankaltaisuuteen, vaikka niiden koodi on hyvin erilaista. 

Vastaavasti analogian tapauksessa homologiaa ei otaksuttu ilmenevän yksilönkehityksessä taikka geenitasolle. Sittemmin molemmat väitteet ovat joutuneet kyseenalaisiksi. Tarkempi anaalysi kuitenkin paljastaa että esim. homologiset elimet syntyvät yksilönkehityksessä eliöillä eri reittejä pitkin. Analogisten elinten tapauksessa taas on löydetty homologiaa geenitasolla. Esimerkiksi eri eliöiden silmiä on pidetty klassisena esimerkkinä analogisista elimistä. Myöhemmin on kuitenkin havaittu, että näiden analogisten elinten kehitystä ohjaavat samat säätelygeenit.  

{{Sitaatti|Ja näin on yleisesti havaittu: mitä enemmän todisteita, että lajit ovat lähellä toisiaan, sitä enemmän löytyy myös elinten homologioita. Evoluutioteorian edellyttämä sukulaisuussuhde eli ”yhteinen polveutuminen” on ainoa teoria joka '''vaatii''' tätä, ja sen puuttuminen olisi evoluutioteorian kohtalokas vastatodistus.}}

{{Sitaatti|Mielenkiintoisia ovat myös ns. rudimentaariset eli surkastuneet elimet: ihmisillä muun muassa viisaudenhammas ja umpilisäke. Darwin itse mainitsi Boa-käärmeiden surkastuneet takatassut. Muilla käärmeillä sellaisia löytyy vain alkiovaiheessa eikä enää aikuisyksilössä. Myös linnuilla on alkiovaiheessa hampaiden alkuja (vrt. [[Archaeopteryx]]), jotka sitten häviävät.}}<!--lähteitä sitaatteihin!-->

== Yhteinen esi-isä ==
[[Kuva:GeneticCode21.png|right|240px|thumb|Geneettisen koodin universaaliuutta pidettiin pitkää vahvimpana todisteena eliöiden yhteisestä kantamuodosta. Sittemmin vastoin odotuksia universaaliksi oletusta koodista löydettiinkin poikkeavuuksia. Tänä päivänä tunnetaan kymmeniä eri koodeja.<ref name = "NCBI">{{Verkkoviite | Nimeke = | Osoite = http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi#SG14 | Viitattu = 18.11.2009 | Selite = | Tekijä = Andrzej (Anjay) Elzanowski and Jim Ostell | Julkaisija = National Center for Biotechnology Information (NCBI) | Ajankohta = Last update of the Genetic Codes: April 07, 2008 }} </ref>]]

Tähtitieteellisten ja [[wp:geofysiikka|geofyysisten]] todisteiden valossa on arvioitu maapallon syntyneen noin 4,57 miljardia vuotta sitten. Arvioiden mukaan Maa kehittyi elinkelpoiseksi noin 3,8 miljardia vuotta sitten, jolloin myös ensimmäisten eliöiden arvellaan syntyneen. Emme tiedä miltä ensimmäiset eliöt näyttivät. Elämän uskotaan alkaneen ensimmäisten replikoituvien molekyylien, kuten [[RNA-maailma|RNA-ribotsyymien synnystä]], jotka kykenivät ottamaan aineita ja energiaa ympäröivistä elottomista molekyyleistä sekä Auringon säteilystä. Siitä miten tämä tapahtui, on esitetty monia kilpailevia hypoteeseja, mutta huolimatta vuosikymmenien ponnisteluista elämän itsestäänsyntyminen, [[abiogeneesi]], on edelleen mysteeri. Varsinainen biologinen evoluutioteoria astuu kuvaan vasta kun on olemassa itseään kopioiva alkueliö. 

Darwin ehdotti, että kaikilla eliölajeilla on yhteinen esi-isä; jokainen eliö on kehittynyt samasta alkueliöstä, joka on elänyt ainakin 3,5 miljardia vuotta sitten. Tämän hypoteesin tueksi esitetään yleensä evoluutioteorian popularisoinnissa eliöiden aineenvaihdunnan samanlaisia kemiallisia perusrakenteita, kuten nukleotideja ([[wp:DNA|DNA]]/[[wp:RNA|RNA]]), [[wp:aminohappo|aminohappoja]], [[wp:nukleotidi|nukleotideja]], [[wp:sokerit|sokereita]] ja [[wp:rasvahapot|rasvahappoja]]. Myös geneettisen koodin universaalisuutta pidettiin vahvana todisteena yhteisestä esi-isästä. Esimerkiksi Turun yliopiston perinnöllisyystieteen emeritusprofessori [[Wp:Petter Portin|Petter Portin]] esittää tämän väitteen Charles Darwinin kaksinkertaista merkkivuotta juhlistavassa teoksessaan:

{{Quotation|Solujen perusaineenvaihdunta ja rakenne ovat kaikilla eliöillä samanlaiset, ja evoluutioteorian vahvimpia todisteita onkin se, että geneettinen koodi on universaalinen eli sama kaikilla organismeilla olkoon sitten kysymyksessä virus, bakteeri, hiivasieni, kanttarelli, koivu, sinivalas tai ihminen. Ilmiötä on tieteellisesti hyvin vaikea ymmärtää muuten kuin evoluutioteorian valossa.|Petter Portin ja Timo Vuorisalo| Evoluutio NYT! (2008)<ref>{{Kirjaviite | Tekijä = Petter Portin ja Timo Vuorisalo| Nimeke = Evoluutio NYT!: Charles Darwinin juhlaa |Julkaisija = [http://kirja-aurora.utu.fi/ Kirja-Aurora] | Vuosi = 2008 | Kappale = Evoluutio teorian todisteet | Sivu =  67| Selite = | Tunniste = ISBN 978-951-29-3666-3}} </ref>}}

Evoluutiotutkijat pitivätkin koodin muuttumista pitkään mahdottomana. Sittemmin vastoin odotuksia koodista löydettiin (jo useita vuosia sitten)<!--Milloin?--> merkittäviä poikkeuksia (esim. [[wp:mitokondrio|mitokondrioilla]] ''Stop''-[[wp:kodoni|kodonin]] muutos) ja nykyään tunnetaankin useita geneettisiä koodeja.<ref name = "NCBI"/>

{{Sitaatti|
Helposti syntyvä väärinkäsitys on, että tämä ”yhteinen kantaisä/-äiti” oli yksin maailmassa. Luultavammin se oli vain yksi yksilö jo elämäntäytteisessä valtameressä. Kaikki muut ovat kuitenkin epäonnistuneet jatkamaan sukuaan näihin päiviin saakka. Toinen väärinkäsitys on, että se olisi maapallon ''ensimmäinen'' eliö. Realistisempi kuva on, että se oli pitkän kehitysprosessin lopputulos, jonka varhaisimmat vaiheet eivät välttämättä olleet edes yksiselitteisesti "eläviä". Varhaisissa vaiheissa elämä on saattanut syntyä yhä uudestaan, mutta siitä emme tiedä nykytietämyksellä kovinkaan paljoa, koska esimerkiksi koskemattomia kerroskivilajeja 3,8–3,5 miljardin vuoden takaa Maan alkuajoilta on lähes mahdotonta löytää (ei tiedetä nykyisin) ja tarvittaisiin hapeton ilmakehä muiden epätavallisten olosuhteiden lisäksi. Ihmisillä ei ole nykyisin mitään tietoa elämän 300 ensimmäisen miljoonan vuoden ajalta, ja laboratorioissa ei olla vielä pystytty tuottamaan elämää, mutta täysin mahdotonta tekniikan ja tietämyksen kehittyessä se ei luultavasti ole. Jo 3,5 miljardin takaisista kivistä on löydetty rikasta bakteerilajistoa. }}

{{Sitaatti|
Kuitenkin kaikkien ensimmäisten elämän pioneerien oli ratkaistava monta ongelmaa, suurimpina miten hankkia energiaa ja kopioitua. DNA-molekyylejä pidetään välttämättöminä kopioitumiselle, mutta sen valikoitumiselle siihen tehtävään ei nykyisin tiedetä kunnollista teoriaa. Sen tehtävän uskotaan kuitenkin olleen aluksi toissijainen, ja sitä edeltäneen [[RNA-maailma]]n, missä tapahtui proteiinisynteesiä, ja josta puuttui DNA-välitteisen proteiinisynteesin tehokkuus.}}

== Aiheesta muualla ==
=== ApologetiikkaWiki ===
* [[Evoluutio]]
* [[Evoluutioteoria]]

==Viitteet==
{{Viitteet}}

[[Luokka:Evoluutioteoria]]